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DNA糖苷酶催化N-糖苷键水解机理与酶活性调控分子机制的理论研究

批准号：
20873105
项目类别：
面上项目
资助金额：
40.0 万元
负责人：
曹泽星
依托单位：
厦门大学
学科分类：
化学理论与方法
结题年份：
2011
批准年份：
2008
项目状态：
已结题
项目参与者：
谢湖均、巫瑞波、唐绍彬、裘云锋
关键词：
组合QM/MM计算N-糖苷键水解DNA糖苷酶分子动力学模拟

项目摘要

结项摘要

项目成果

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中文摘要
DNA糖苷酶是一类重要的生物酶，负责催化N-糖苷键的水解裂分生成含氮碱和戊糖，在DNA糖基转移和受损DNA碱基修复过程中起着至关重要的作用。本项目旨在应用组合QM/MM计算方法与组合QM/MM动力学模拟方法，系统地研究脱氧假尿嘧啶抑制UDG糖苷酶催化活性的结构与动力学本质、核苷水解酶IAG-NH和IU-NH催化N-糖苷键水解的解离机理；探索糖苷酶活性位的结构特征、酶与底物和抑制剂的相互作用、保守残基作用的分子机制、蛋白质动力学对酶活性的影响；预测底物和活性区重要残基结构修饰对酶催化活性的调控作用.通过组合QM/MM动力学模拟方法的进一步完善与发展，拓展理论与计算化学到生物体系的应用，为进一步的化学生物学和结构生物学研究提供依据。
英文摘要
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Electronic and magnetic properties of nitrogen-doped finite-size and open-ended zigzag carbon nanotubes
氮掺杂有限尺寸开口锯齿形碳纳米管的电子和磁性能
DOI： 10.1016/j.commatsci.2011.01.039
发表时间： 2011-04-01
期刊： COMPUTATIONAL MATERIALS SCIENCE
影响因子： 3.3
作者： [Tang, Shaobin, Cao, Zexing]
通讯作者： Cao, Zexing
Mechanism of acid-catalyzed hydrolysis of formamide from cluster-continuum model calculations: concerted versus stepwise pathway.
DOI： 10.1021/jp106560s
发表时间： 2010-12
期刊： The journal of physical chemistry. A
影响因子： --
作者： [Binju Wang;Z. Cao]
通讯作者： Binju Wang;Z. Cao
Hydration of carbonyl groups: the labile H3O+ ion as an intermediate modulated by the surrounding water molecules.
DOI： 10.1002/anie.201008239
发表时间： 2011-03
期刊： Angewandte Chemie
影响因子： --
作者： [Binju Wang;Z. Cao]
通讯作者： Binju Wang;Z. Cao
Electronic and Optical Properties of Low-Dimensional B2CN Nanomaterials from First Principles
DOI： 10.1021/jp205847u
发表时间： 2011-08
期刊： Journal of Physical Chemistry C
影响因子： 3.7
作者： [Jinxia Liang;Shaobin Tang;Z. Cao]
通讯作者： Jinxia Liang;Shaobin Tang;Z. Cao
共 21 条
    酶催化高毒有机磷化合物降解机制与活性调控的QM/MM多尺度模拟研究
    • 批准号：
      22373078
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      50万元
    • 批准年份：
      2023
    • 负责人：
      曹泽星
    • 依托单位：
      厦门大学
    碳基小分子催化定向转化及外场与表界面效应的多尺度全程模拟研究
    • 批准号：
      21933009
    • 项目类别：
      重点项目
    • 资助金额：
      300.0万元
    • 批准年份：
      2019
    • 负责人：
      曹泽星
    • 依托单位：
      厦门大学
    酶催化二氧化碳捕获与还原转化的量子-经典力学研究
    • 批准号：
      21873078
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      66.0万元
    • 批准年份：
      2018
    • 负责人：
      曹泽星
    • 依托单位：
      厦门大学
    呋喃类生物燃料热解自由基激发态及其与分子氧反应过程的理论研究
    • 批准号：
      21673185
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      66.0万元
    • 批准年份：
      2016
    • 负责人：
      曹泽星
    • 依托单位：
      厦门大学
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