高级别浆液性卵巢癌铂类耐药相关基因模块及其驱动因子的鉴定

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31801121
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    25.0万
  • 负责人：
    刘荣
  • 依托单位：
    中南大学
  • 学科分类：
    C0608.生物数据资源与分析方法
  • 结题年份：
    2021
  • 批准年份：
    2018
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2019-01-01 至2021-12-31

项目摘要

Platinum resistance of high grade serous ovarian cancer (HGSOC) confers a poor prognosis. Resistance to platinum based treatment is brought about through a bewildering array of mechanisms. The difference in chemotherapy response and overall survival between the four subtypes ("Differentiated", "Immunoreactive", "Mesenchymal" and "Proliferative") were statistical significant based on our former analysis. Our hypothesis is that the molecular features of molecular subtypes account for the distinct prognosis. In the study, we aimed to investigate whether gene modules are associated with overall survival in each subtype by make full use of high throughput genome-wide mRNA data from Gene Expression Omnibus and The Cancer Genome Atlas (sample size=2216), also elucidate the molecular drivers of gene modules by integrating multiple forms of data and validate our findings with clinical samples. Our study may facilitate the discovery of biomarkers for the prognosis of platinum treated HGSCO and may also be used as a basis for establishing personalized therapies.
高等级浆液性卵巢癌（high grade serous ovarian cancer，HGSOC）以铂类化疗为主，但疗效不佳、耐药机制不明确。申请者基于公共大样本基因表达谱数据构建了支持向量机模型将HGSOC分为免疫反应型、分化型、增殖型和间质型，发现属于不同HGSOC分子亚型的患者化疗敏感性、总体生存差异显著。研究假设在不同HGSOC亚型中存在不同分子机制导致铂类耐药。项目采用生物数据挖掘手段，整合GEO和TCGA中临床大样本（n=2216）数据，在HGSCO分子亚型中探索影响患者铂类耐药的基因模块，综合TCGA中多组学数据鉴定影响其表达强度的遗传变异或表观调控因子，临床验证候选基因模块及关键基因与铂类化疗敏感性的关系。本项目旨在寻找HGSCO分子亚型的铂类耐药机制，为HGSCO精准治疗提供新的理论基础。

结项摘要

高等级浆液性卵巢癌（high grade serous ovarian cancer，HGSOC）以铂类化疗为主，但疗效不佳、耐药机制不明确。本项目采用生物信息大生物数据挖掘手段，充分整合GEO和TCGA中临床大样（n=2216）数据，在HGSOC不同的分子亚型（为免疫反应型、分化型、增殖型和间质型）中探索铂类耐药的机制，主要的研究发现如下：1）在HGSCO分子亚型中探索影响患者铂类耐药的基因模块，综合TCGA中多组学数据鉴定影响其表达强度的遗传变异或表观调控因子。2）最新研究显示肿瘤免疫微环境影响影响癌症患者的药物反应和生存预后，本研究探索了与HGSOC患者接受了铂类化疗以后的生存预后相关的肿瘤免疫浸润细胞类型，并在不同的分子亚型中分别研究。采用CIBERSORT算法计算出每个样本的肿瘤组织中浸润的22种免疫细胞类型的比例。关联研究显示巨噬细胞M0，M1构成比高患者接受铂类化疗后生存时间较长，而处于休眠的CD4记忆T细胞构成多且中性粒白细胞多则伴随较差的预后。在免疫亚型中，我们发现巨噬细胞M1，CD8+ T细胞构成比高的患者的预后好，而巨噬细胞M2浸润比例高的患者预后较差。而且在该亚型中PD1的高表达预后好，免疫型HGSOC可能适用于免疫疗法。该部分研究成果发表在《Ebiomedicine》杂志。本项目的实施将为为HGSCO个体化药物治疗提供新的理论基础。

项目成果

期刊论文数量（6）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Tumour immune cell infiltration and survival after platinum-based chemotherapy in high-grade serous ovarian cancer subtypes: A gene expression-based computational study
高级别浆液性卵巢癌亚型铂类化疗后肿瘤免疫细胞浸润和存活：基于基因表达的计算研究
  • DOI：
    10.1016/j.ebiom.2019.102602
  • 发表时间：
    2020-01-01
  • 期刊：
    EBIOMEDICINE
  • 影响因子：
    11.1
  • 作者：
    Liu, Rong;Hu, Rong;Zhou, Hong-Hao
  • 通讯作者：
    Zhou, Hong-Hao
Relevance of Immune Infiltration and Clinical Outcomes in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma Subtypes.
胰腺导管腺癌亚型中免疫浸润与临床结果的相关性
  • DOI：
    10.3389/fonc.2020.575264
  • 发表时间：
    2020
  • 期刊：
    Frontiers in oncology
  • 影响因子：
    4.7
  • 作者：
    Liu R;Liao YZ;Zhang W;Zhou HH
  • 通讯作者：
    Zhou HH
LncRNA Profile Study Reveals a Three-LncRNA Signature Associated With the Pathological Complete Response Following Neoadjuvant Chemotherapy in Breast Cancer
LncRNA 谱研究揭示了与乳腺癌新辅助化疗后病理完全缓解相关的三 LncRNA 特征
  • DOI：
    10.3389/fphar.2019.00574
  • 发表时间：
    2019-05
  • 期刊：
    Frontiers in Pharmacology
  • 影响因子：
    5.6
  • 作者：
    Ying Zeng;Guo Wang;Cheng-Fang Zhou;Hai-Bo Zhang;Hong Sun;Wei Zhang;Hong-Hao Zhou;Rong Liu;Yuan-Shan Zhu
  • 通讯作者：
    Yuan-Shan Zhu
An integrated prognosis model of pharmacogenomic gene signature and clinical information for diffuse large B-cell lymphoma patients following CHOP-like chemotherapy
CHOP 样化疗后弥漫性大 B 细胞淋巴瘤患者的药物基因组基因特征和临床信息的综合预后模型
  • DOI：
    10.1186/s12967-020-02311-1
  • 发表时间：
    2020-03-30
  • 期刊：
    JOURNAL OF TRANSLATIONAL MEDICINE
  • 影响因子：
    7.4
  • 作者：
    Hu, Jinglei;Xu, Jing;Zhang, Wei
  • 通讯作者：
    Zhang, Wei
Influence of Tumor Immune Infiltration on Immune Checkpoint Inhibitor Therapeutic Efficacy: A Computational Retrospective Study.
肿瘤免疫浸润对免疫检查点抑制剂疗效的影响：一项计算回顾性研究
  • DOI：
    10.3389/fimmu.2021.685370
  • 发表时间：
    2021
  • 期刊：
    Frontiers in immunology
  • 影响因子：
    7.3
  • 作者：
    Liu R;Yang F;Yin JY;Liu YZ;Zhang W;Zhou HH
  • 通讯作者：
    Zhou HH

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其他文献

基于固体靶的D-T和D-D中子源特性模拟计算
  • DOI：
    10.13832/j.jnpe.2017.s1.0008
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    2017
  • 期刊：
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  • 影响因子：
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  • 作者：
    秦建国;赖财锋;鹿心鑫;朱通华;叶邦角;刘荣;蒋励;王玫
  • 通讯作者：
    王玫
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  • DOI：
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  • 发表时间：
    2015
  • 期刊：
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  • 影响因子：
    --
  • 作者：
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  • 通讯作者：
    刘强
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  • DOI：
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  • 发表时间：
    2012
  • 期刊：
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  • 作者：
    王浩;王甜;王喜娜;刘荣
  • 通讯作者：
    刘荣
原发性干燥综合征患者抑郁障碍与生活事件的相关性研究
  • DOI：
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  • 发表时间：
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  • 作者：
    戴小良;刘荣;高东;莫汉有
  • 通讯作者：
    莫汉有
饮食诱导肥胖抵抗和饮食诱导肥胖
  • DOI：
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  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    中国公共卫生.19（5）563-565，2003
  • 影响因子：
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  • 作者：
    刘荣;孙长颢;王舒然;于新凤
  • 通讯作者：
    于新凤

其他文献

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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