基于单细胞变异数据的肿瘤进化研究
批准号:
61863010
项目类别:
地区科学基金项目
资助金额:
41.0 万元
负责人:
朱雯
依托单位:
学科分类:
F0305.生物、医学信息系统与技术
结题年份:
2022
批准年份:
2018
项目状态:
已结题
项目参与者:
李春、于彬、丁利、王琳琳、祃来坤、冯昌章、金铭、邱文莹、陈成
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中文摘要
利用单细胞CNA数据识别与肿瘤相关的靶基因,构建同一肿瘤多个细胞之间的克隆进化过程,有助于深刻理解肿瘤进化史,并为精准治疗提供理论指导。在单细胞CNA数据的基础上,融合其它生物数据是本课题提升肿瘤进化分析可靠性、风险评估能力的关键思路。本项目以融合多源数据为基础,识别与肿瘤相关的靶基因,构建肿瘤进化模型并给出风险评估:设计一种高效的单细胞肿瘤CNA检测算法,准确识别正常细胞与肿瘤细胞CNA差异,为后续肿瘤进化研究提供遗传标记;结合相关基因表达谱数据,miRNA数据和其它组学数据在全基因组范围内筛选与肿瘤相关的候选CNA;结合miRNA数据、基因表达谱数据合理推断细胞之间的CNA进化距离,设计启发式最优化算法构建肿瘤进化树;进一步分析CNA之间上位性效应,并构建肿瘤风险评估模型,以准确评估肿瘤患病风险。本项目的深入研究不仅有助于进一步理解肿瘤的发生、发展过程,也有助于癌症的早期诊疗。
英文摘要
The use of single-cell CNA data to identify tumor-associated target genes and to construct a clonal evolutionary process among multiple cells of the same tumor can help to deeply understand the evolutionary history of tumors and provide theoretical guidance for precise treatment. The key idea of this project is integrating other biological data with the single-cell CAN data, which can effectively improve reliability and risk assessment ability of tumor evolution analysis. This project is based on the fusion of multi-source data to identify tumor-associated target genes, construct a tumor evolution model and give a risk assessment. Some main tasks include: design an efficient single-cell tumor CNA detection algorithm to accurately identify CNA differences between normal cells and tumor cells, and provide genetic markers for follow-up tumor evolution studies; combine relevant gene expression profiling data, miRNA data, and other histological data to screen tumor-associated candidate CNAs across the entire genome; combine miRNA data, gene expression profiling data to reasonably extrapolate CNA evolution distance among cells, and design heuristic optimization algorithm for constructing tumor phylogenetic tree; and further analyze epistatic effects between CNAs, and build a risk assessment model so as to accurately assess the risk of cancer. The in-depth study of this project not only helps to further understand the occurrence and development of tumors, but also helps early diagnosis and treatment of cancer.
利用单细胞拷贝数变异数据识别与肿瘤相关的靶基因,构建同一肿瘤多个细胞之间的克隆进化过程,有助于深刻理解肿瘤进化史,并为精准治疗提供理论指导。在单细胞拷贝数变异数据的基础上,融合其它生物数据是本课题提升肿瘤进化分析可靠性、风险评估能力的关键思路。本项目以融合多源数据并获取数据特征为基础,识别与肿瘤相关的靶基因,构建肿瘤进化模型并给出风险评估:设计一种高效的单细胞肿瘤检测算法,准确识别正常细胞与肿瘤细胞差异,为后续肿瘤进化研究提供遗传标记;结合相关基因表达谱数据,miRNA数据和其它组学数据在全基因组范围内筛选与肿瘤相关的候选拷贝数变异;结合miRNA数据、基因表达谱数据合理推断细胞之间的变异进化距离,设计启发式最优化算法构建肿瘤进化树;进一步分析拷贝数变异之间上位性效应,并构建肿瘤风险评估模型,以准确评估肿瘤患病风险。本项目的深入研究不仅有助于进一步理解肿瘤的发生、发展过程,也有助于癌症的早期诊疗。课题组已在Briefings in Bioinformatics、IEEE Transactions on Knowledge and Data Engineering和Frontiers in Pharmacology等 SCI 杂志上发表学术论文 42 篇,团队获得国家自然科学基金资助项目3项,省自然科学基金资助3项,培养研究生16名,承办国际学术会议2次,国内会议2次。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Hybrid_DBP: Prediction of DNA-binding proteins using hybrid features and convolutional neural networks.
Hybrid_DBP:使用混合特征和卷积神经网络预测 DNA 结合蛋白
DOI:10.3389/fphar.2022.1031759
发表时间:2022
期刊:FRONTIERS IN PHARMACOLOGY
影响因子:5.6
作者:Yu, Shaoyou;Peng, Dejun;Zhu, Wen;Liao, Bo;Wang, Peng;Yang, Dongxuan;Wu, Fangxiang
通讯作者:Wu, Fangxiang
Predicting Influenza Antigenicity by Matrix Completion With Antigen and Antiserum Similarity.
通过抗原和抗血清相似性的矩阵完成来预测流感抗原性
DOI:10.3389/fmicb.2018.02500
发表时间:2018
期刊:Frontiers in microbiology
影响因子:5.2
作者:Wang P;Zhu W;Liao B;Cai L;Peng L;Yang J
通讯作者:Yang J
Prediction of Target-Drug Therapy by Identifying Gene Mutations in Lung Cancer With Histopathological Stained Image and Deep Learning Techniques.
利用组织病理学染色图像和深度学习技术识别肺癌基因突变来预测靶向药物治疗
DOI:10.3389/fonc.2021.642945
发表时间:2021
期刊:Frontiers in oncology
影响因子:4.7
作者:Huang K;Mo Z;Zhu W;Liao B;Yang Y;Wu FX
通讯作者:Wu FX
DOI:--
发表时间:2018
期刊:Frontiers in Microbiology
影响因子:5.2
作者:Peng Wang;Wen Zhu;Bo Liao;Lijun Cai;Lihong Peng;Jialiang Yang
通讯作者:Jialiang Yang
UbiSitePred: A novel method for improving the accuracy of ubiquitination sites prediction by using LASSO to select the optimal Chou's pseudo components
UbiSitePred:一种通过使用 LASSO 选择最佳 Chou 伪组件来提高泛素化位点预测准确性的新方法
DOI:10.1016/j.chemolab.2018.11.012
发表时间:2019-01-15
期刊:CHEMOMETRICS AND INTELLIGENT LABORATORY SYSTEMS
影响因子:3.9
作者:Cui, Xiaowen;Yu, Zhaomin;Ma, Qin
通讯作者:Ma, Qin
胃癌的长链非编码RNAs调控机理研究
- 批准号:62362028
- 项目类别:地区科学基金项目
- 资助金额:32万元
- 批准年份:2023
- 负责人:朱雯
- 依托单位:
生物医学大数据分析与疾病预警天元数学交流项目
- 批准号:11926205
- 项目类别:数学天元基金项目
- 资助金额:20.0万元
- 批准年份:2019
- 负责人:朱雯
- 依托单位:
宫颈癌HPV分型检测的关键算法研究与应用
- 批准号:61572178
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:67.0万元
- 批准年份:2015
- 负责人:朱雯
- 依托单位:
国内基金
海外基金















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