利用蛋白质组学方法研究N末端乙酰转移酶在线虫发育繁殖中的作用

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AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31470806
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    85.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0505.蛋白质、多肽与酶生物化学
  • 结题年份:
    2018
  • 批准年份:
    2014
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2015-01-01 至2018-12-31

项目摘要

Protein N-terminal acetylation is among the most common modifications. Recently it was discovered that N-terminal acetylation plays important roles in many biological processes, e.g., ubiquitin/proteasome pathway, apoptosis, protein interaction and subcellular localization and so on. Today, it is well recognized as a multifunctional regulator, and its function varies for different proteins in different circumstances. A systematic proteome scale study will help discover its new biological functions. Recently we developed a highly efficient proteomics approach for N-terminal acetylation study, which is composed of the purification using CNBr activated sepharose 4B and the identification using high mass accuracy mass spectrometer(Zhang, 2009; 2010; 2011; 2013). Furthermore, we observed the severe developmental delay and birth reduction in C. elegans when the expression of NATs is inhibited using RNAi technique. The results suggest that N-terminal acetylation plays an important role during C. elegans development and reproduction. Taking advantage of the approach we developed, we plan to carry out a systematic study of the functions of N-terminal acetyltransferases (NATs) in the development and reproduction using C. elegans. We are going to systematically identify the large-scale N-terminal acetylome, elucidate the precise substrates for different NATs, screen out the key N-terminal acetylation sites relating to development and reproduction, and thus discover its regulation mechanism in development and reproduction. By achieving these purposes, we could extend our knowledge on protein N-terminal acetylation and may provide a new approach to study development and reproduction.
蛋白质N末端乙酰化是一种广泛存在的修饰方式,其相关的生物学功能研究最近才有所进展,主要参与泛素化降解和调节细胞凋亡等生物学过程,然而其更深入的生物学功能还有待进一步研究。通过系统的蛋白质组学研究将有助于发现其更多重要的生物学功能并揭示其作用的分子机制。本课题组在最新研究中发现在N末端乙酰转移酶的表达受到抑制后,线虫发育和繁殖都受到严重影响,这表明N末端乙酰化修饰在线虫发育和繁殖中发挥着重要作用。本课题拟结合线虫RNAi实验体系,采用我们创建的一种高效的N末端乙酰化修饰的组学分析方法(Zhang,2009;2010;2011;2013),系统地鉴定线虫N末端乙酰化修饰的位点及程度,深入探讨不同N末端乙酰转移酶的底物特异性,并揭示其在发育繁殖中的调控机制。通过这一研究,将拓展我们对N末端乙酰化修饰功能的认识并为发育繁殖相关的研究提供新的思路。

结项摘要

蛋白质N 末端乙酰化是一种广泛存在的修饰方式,其相关的生物学功能主要包括参与泛素化降解和调节细胞凋亡等生物学过程,然而其更深入的生物学功能还有待进一步研究。我们在研究中发现在N 末端乙酰转移酶的表达受到抑制后,线虫发育和繁殖都受到严重影响,这表明N 末端乙酰化修饰在线虫发育和繁殖中发挥着重要作用。我们优化了N 末端乙酰化蛋白质组学方法,并对相关的过程进行了深度优化,在一次实验中能鉴定两千多N末端乙酰化位点;我们接下来对线虫八个生长时期的N末端乙酰化状态进行了分析,发现整体乙酰化程度介于酵母和人类细胞之间;通过RNAi处理和突变体分析,我们进行了不同N 末端乙酰转移酶的底物进行了分析,发现和线虫与酵母的底物特异性不一致;此外,我们也研究了在N 末端乙酰转移酶被抑制的条件下,蛋白质磷酸化修饰的变化。结合最近的研究进展表明,在线虫这种多细胞生物中,不同N端乙酰化转移酶的底物特异性有所重叠,并且N端乙酰化并非一个独立的事件,常常伴随着其它的蛋白质修饰的变化。这些研究结果和实验数据将拓展我们对N 末端乙酰化修饰功能的认识并帮助阐明其在发育繁殖中的作用。

项目成果

期刊论文数量(10)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
蛋白质组学样品消化条件的优化
  • DOI:
    10.13417/j.gab.037.002884
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    基因组学与应用生物学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    黄竞男;张旭敏
  • 通讯作者:
    张旭敏
An Approach to Incorporate Multi-Enzyme Digestion into C-TAILS for C-Terminomics Studies.
将多酶消化纳入 C-TAILS 进行 C 末端组学研究的方法。
  • DOI:
    10.1002/pmic.201700034
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    Proteomics
  • 影响因子:
    3.4
  • 作者:
    Zhang Yang;Li Qingqing;Huang Jingnan;Wu Zhen;Huang Jichang;Huang Lin;Li Yanhong;Ye Juanying;Zhang Xumin
  • 通讯作者:
    Zhang Xumin
Systematic Optimization of C-Terminal Amine-Based Isotope Labeling of Substrates Approach for Deep Screening of C-Terminome
系统优化 C 端胺基同位素标记底物方法,用于深度筛选 C 端组
  • DOI:
    10.1021/acs.analchem.5b02451
  • 发表时间:
    2015
  • 期刊:
    Analytical Chemistry
  • 影响因子:
    7.4
  • 作者:
    Zhang Yang;He Quanze;Ye Juanying;Li Yanhong;Huang Lin;Li Qingqing;Huang Jingnan;Lu Jianan;Zhang Xumin
  • 通讯作者:
    Zhang Xumin
Enzyme and Chemical Assisted N-Terminal Blocked Peptides Analysis, ENCHANT, as a Selective Proteomics Approach Complementary to Conventional Shotgun Approach.
酶和化学辅助的 N 端封闭肽分析,ENCHANT,作为一种选择性蛋白质组学方法,补充传统鸟枪法。
  • DOI:
    10.1021/acs.jproteome.7b00521
  • 发表时间:
    2018-01
  • 期刊:
    J Proteome Res
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Huang Jingnan;Wang Jie;Li Qingqing;Zhang Yang;Zhang Xumin
  • 通讯作者:
    Zhang Xumin
基于质谱的蛋白质N末端乙酰化程度定量方法的研究
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    --
  • 期刊:
    基因组学与应用生物学
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    王洁;张旭敏
  • 通讯作者:
    张旭敏

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其他文献

20℃和25℃条件下秀丽隐杆线虫衰老过程中磷酸化蛋白质组学的研究
  • DOI:
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  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    复旦学报. 自然科学版
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    李佳淇;吴真;张旭敏
  • 通讯作者:
    张旭敏
同源盒基因Msx及其在胚胎着床中的作用
  • DOI:
    10.11844/cjcb.2016.10.0151
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    中国细胞生物学学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    周国强;张旭敏;戴绍军;王敬强
  • 通讯作者:
    王敬强
重组LysargiNase蛋白酶的表达纯化及其在蛋白质组学层面的分析
  • DOI:
    10.15943/j.cnki.fdxb-jns.20211208.001
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    复旦学报. 自然科学版
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    岳柠柠;吴真;张旭敏
  • 通讯作者:
    张旭敏
转录组和蛋白质组整合分析揭示组蛋白H2A去泛素化酶USP16的功能调控网络
  • DOI:
    10.15943/j.cnki.fdxb-jns.20211029.001
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
    复旦学报(自然科学版)
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    华杰;吴真;张旭敏
  • 通讯作者:
    张旭敏

其他文献

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张旭敏的其他基金

高温影响线虫衰老过程中蛋白质末端变体的深度组学分析和功能研究
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  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    54 万元
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    面上项目
高温影响线虫衰老过程中蛋白质末端变体的深度组学分析和功能研究
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  • 批准年份:
    2022
  • 资助金额:
    54.00 万元
  • 项目类别:
    面上项目
利用定量蛋白质组学和磷酸化组学研究高温影响线虫衰老的机制
  • 批准号:
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  • 项目类别:
    面上项目

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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