基于虚拟活性谱的药物重定位研究
结题报告
批准号:
81302699
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
23.0 万元
负责人:
徐志建
学科分类:
H3407.药物设计与药物信息
结题年份:
2016
批准年份:
2013
项目状态:
已结题
项目参与者:
杨卓、刘颖涛、陈照强、周雨人
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中文摘要
药物重定位,即研究已有药物或者化合物原有适应症之外的新用途,可以大大缩短研发时间并减低研发成本,已经成为新药研发的一个重要方向。国际上的研究表明基于体外活性谱的相似性可以发现具有类似药效的化合物,国内贺林院士等的工作表明虚拟活性谱也有类似的效果。本项目拟针对综合药物化学数据库(CMC)中的8,714个小分子药物开展药物重定位研究。首先完成CMC中的药物分子对7,998个临床及潜在药物靶标的分子对接;在此基础上,结合文献检索和数据挖掘,优化潜在靶标的选取方法,获得具有相同药效的一类药物所对应的关键靶标群;然后对关键靶标群的虚拟活性谱进行比较分析,预测有类似药效的其他药物;最后进行药物重定位实验验证,发现3~5个有体外活性的抗肿瘤及糖尿病等疾病的药物,其中1~2个有动物活性。本项目建立的基于大规模虚拟筛选的药物重定位策略和技术对我国的老药新用及创新药物研究都具有重要的学术意义和应用价值。
英文摘要
Drug repositioning is to identify new uses for existing drugs or compounds, which would reduce the time and costs of drug discovery and hence has become a matter of intense interest in drug development. Previous studies demonstrated that compounds with similar efficacy could be identified based on similar in vitro activity profile. Moreover, He et al. reported that similar results could be achieved based on in silico activity profile. Here, drug repositioning will be carried out based on the virtual dockings of 8,714 small molecule drugs from CMC (Comprehensive Medicinal Chemistry) against 7,998 clinical or potential drug targets. Through literature survey and data mining, target selection algorithm will be optimized and a key targets group will be identified for a specific class of drugs with similar efficacy. If other drugs have similar in silico activity profile against the key targets group, then bioassays will be performed in the hope that 3~5 repositioned drugs will be identified as anticancer or antidiabetic agents with 1~2 exhibiting activity in animal model. This project will establish the strategy for drug repositioning based on large scale virtual screening, which is of tremendous scientific and practical value to old drugs for new uses and to innovative medicine of our country.
药物重定位,即研究已有药物或者化合物原有适应症之外的新用途,它可以大大缩短研发时间并减低研发成本。前人研究发现,体外活性谱相似的化合物具有类似的药效。本课题针对综合药物化学数据库(CMC)中的8,714 个小分子药物开展药物重定位研究。将CMC 中的药物分子对7,998 个临床及潜在药物靶标的分子对接,得到虚拟活性谱;然后对虚拟活性谱进行比较分析,预测有类似药效的其他药物;最后进行药物重定位实验验证,发现了6个有体外活性的药物,其中针对黑色素瘤的重定位药物2个(雷复尼特、氯生太尔)、抗黑色素生成的重定位药物2个(petasiphenol、柳胺酚)、抗骨髓瘤/淋巴瘤的重定位药物2个(紫檀芪、多巴酚丁胺);其中紫檀芪具有动物活性。在小鼠淋巴瘤移植瘤和骨髓瘤移植瘤模型上可以显著抑制肿瘤的生长。此外,开发了一天可以虚拟筛完4200万化合物的分子对接软件mD3DOCKxb以及发现卤键调节药物的ADME/T性质。发表SCI 论文5篇,申请专利3 件,完成了预期的研究目标。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Halogen Bond: Its Role beyond Drug-Target Binding Affinity for Drug Discovery and Development
卤素键:其在药物发现和开发中超越药物靶点结合亲和力的作用
DOI:10.1021/ci400539q
发表时间:2014-01-01
期刊:JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING
影响因子:5.6
作者:Xu, Zhijian;Yang, Zhuo;Zhu, Weiliang
通讯作者:Zhu, Weiliang
Pterostilbene Inhibits Human Multiple Myeloma Cells via ERK1/2 and JNK Pathway In Vitro and In Vivo.
紫檀芪通过 ERK1/2 和 JNK 通路在体外和体内抑制人多发性骨髓瘤细胞
DOI:10.3390/ijms17111927
发表时间:2016-11-17
期刊:International journal of molecular sciences
影响因子:5.6
作者:Xie B;Xu Z;Hu L;Chen G;Wei R;Yang G;Li B;Chang G;Sun X;Wu H;Zhang Y;Dai B;Tao Y;Shi J;Zhu W
通讯作者:Zhu W
Pterostilbene induces apoptosis and cell cycle arrest in diffuse large B-cell lymphoma cells.
紫檀芪可诱导弥漫性大 B 细胞淋巴瘤细胞凋亡和细胞周期停滞。
DOI:10.1038/srep37417
发表时间:2016-11-21
期刊:Scientific reports
影响因子:4.6
作者:Kong Y;Chen G;Xu Z;Yang G;Li B;Wu X;Xiao W;Xie B;Hu L;Sun X;Chang G;Gao M;Gao L;Dai B;Tao Y;Zhu W;Shi J
通讯作者:Shi J
Repositioning organohalogen drugs: a case study for identification of potent B-Raf V600E inhibitors via docking and bioassay
重新定位有机卤素药物:通过对接和生物测定鉴定有效 B-Raf V600E 抑制剂的案例研究
DOI:10.1038/srep31074
发表时间:2016-08
期刊:Scientific Reports
影响因子:4.6
作者:Yu, Yuqi;Wang, Heyao;Shi, Jiye;Zhu, Weiliang
通讯作者:Zhu, Weiliang
Antitumor effect of dobutamine on multiple myeloma via mitogen-activated protein kinase pathway in vitro.
多巴酚丁胺通过丝裂原激活蛋白激酶途径对多发性骨髓瘤的体外抗肿瘤作用。
DOI:10.1093/abbs/gmw110
发表时间:2016
期刊:Acta Biochim Biophys Sin (Shanghai)
影响因子:--
作者:Xie Bingqian;Xu Zhijian;Yang Guang;Chen Gege;Li Bo;Hu Liangning;Xiao Wenqin;Sun Xi;Gao Minjie;Gao Lu;Wu Xiaosong;Tao Yi;Zhu Weiliang;Shi Jumei
通讯作者:Shi Jumei
面向蛋白质变构位点识别与活性高能构象发现的动态结构模拟与预测研究
奈非那韦抗新冠肺炎的机制与结构改造研究
卤键在晶体结构再精修与药物设计中的应用研究
国内基金
海外基金