基于表观遗传组识别驱动细胞状态变化的核心转录因子
批准号:
31071114
项目类别:
面上项目
资助金额:
40.0 万元
负责人:
张勇
依托单位:
学科分类:
基因组学
结题年份:
2013
批准年份:
2010
项目状态:
已结题
项目参与者:
王璐莹、丁敏、刘甘强、马剑、傅凯、张怡倩
中文摘要
核心转录因子在改变细胞状态的过程中可以起到关键的驱动作用,然而对于多数细胞状态变化过程而言,究竟哪些是驱动该过程的核心转录因子尚不明确,并且缺乏有效的系统性识别方法。我们前期发表的工作表明核小体定位与转录因子结合紧密相关,且从单核小体分辨率的组蛋白修饰ChIP-seq数据可以得到功能重要区域的核小体定位图谱。在此基础上,我们提出在缺乏核心转录因子信息的情况下,通过发展生物信息学算法,分析具有核小体分辨率的组蛋白修饰的动态变化,可以有效的识别驱动细胞状态变化的核心转录因子,进而可以构建出其调控网络。本项目的研究不仅可以为深入研究细胞分化、重编程、应激反应、癌症发生等细胞状态变化过程的机制提供新的思路,而且也可以深化我们对于转录因子结合、核小体定位及修饰的动态变化、基因转录调控三者之间关系的理解。
英文摘要
转录因子在细胞状态改变的过程中可以起到关键的驱动作用,然而对于多数细胞状态变化过程而言,究竟哪些是关键的转录因子尚不明确,并且缺乏有效的系统性识别方法;近年来表观遗传组学的发展为建立一套系统方法提供了新的思路。本项目特别关注表观遗传组动态变化,通过发展生物信息学方法取得了一系列研究成果,主要体现在三个方面:1)发展了生物信息学方法,基于组蛋白修饰识别细胞状态变化过程中的特异性转录因子;2)发展了生物信息学方法,研究以核小体定位为代表的染色质结构的动态变化;3)发展及更新了相关的生物信息学方法和数据库。共在Genome Research, Nucleic Acids Research, Bioinformatics, Epigenetics等重要学术期刊发表论文8篇。本研究成果不仅可以为系统研究细胞分化、重编程、应激反应、癌症发生等细胞状态变化过程的机制提供新的思路,而且也可以深化对于转录因子、表观遗传组动态变化、基因转录调控三者之间关系的理解。
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GeSICA: genome segmentation from intra-chromosomal associations.
GeSICA:染色体内关联的基因组分割
DOI:
10.1186/1471-2164-13-164
发表时间:
2012-05-04
期刊:
BMC genomics
影响因子:
4.4
作者:
[Liu L, Zhang Y, Feng J, Zheng N, Yin J, Zhang Y]
通讯作者:
Zhang Y
DiNuP: a systematic approach to identify regions of differential nucleosome positioning.
DiNuP:识别差异核小体定位区域的系统方法
DOI:
10.1093/bioinformatics/bts329
发表时间:
2012-08-01
期刊:
Bioinformatics (Oxford, England)
影响因子:
--
作者:
[Fu K, Tang Q, Feng J, Liu XS, Zhang Y]
通讯作者:
Zhang Y
Local chromatin dynamics of transcription factors imply cell-lineage specific functions during cellular differentiation.
转录因子的局部染色质动态暗示细胞分化过程中的细胞谱系特异性功能
DOI:
10.4161/epi.7.1.18683
发表时间:
2012-01-01
期刊:
Epigenetics
影响因子:
3.7
作者:
[Tian R, Feng J, Cai X, Zhang Y]
通讯作者:
Zhang Y
DOI:
10.2217/epi.10.78
发表时间:
2011-04
期刊:
Epigenomics
影响因子:
3.8
作者:
[Qian Zhao;Yong Zhang]
通讯作者:
Qian Zhao;Yong Zhang
Canonical nucleosome organization at promoters forms during genome activation.
启动子处的典型核小体组织在基因组激活过程中形成
DOI:
10.1101/gr.157750.113
发表时间:
2014-02
期刊:
Genome research
影响因子:
7
作者:
[Zhang Y, Vastenhouw NL, Feng J, Fu K, Wang C, Ge Y, Pauli A, van Hummelen P, Schier AF, Liu XS]
通讯作者:
Liu XS
共 6 条
基于多组学数据整合及模型构建研究合子基因组激活过程中转录调控网络的重建
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批准号:--
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项目类别:重点项目
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资助金额:293万元
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批准年份:2020
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负责人:张勇
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依托单位:
整合核小体定位特征解析哺乳动物染色质中非典型DNA结构的组织特异性
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批准号:31970642
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项目类别:面上项目
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资助金额:58.0万元
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批准年份:2019
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负责人:张勇
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依托单位:
基于单细胞组学数据研究早期胚胎发育中表观遗传模式的建立
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批准号:31571365
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项目类别:面上项目
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资助金额:60.0万元
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批准年份:2015
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负责人:张勇
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依托单位:
基于高通量数据挖掘揭示染色质调控因子新的作用机制
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批准号:31371288
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项目类别:面上项目
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资助金额:90.0万元
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批准年份:2013
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负责人:张勇
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依托单位:
国内基金
海外基金