2008年春季安徽阜阳发生的手足口病（HFMD）暴发流行，尤其是在短时间内出现22个儿童死亡和一些聚集性重症病例，曾引起当地社会严重恐慌。通过本项目的研究，首先对从本次暴发流行中的死亡病例、重症病例和轻型病例中分离到的50株HEV71病毒进行了VP1编码区基因序列的测定和分析，进而从对VP1序列的系统性分析中选取有代表性的毒株进行了全基因组序列的测定和分析，从分子水平上阐明了引起2008年安徽阜阳儿童病死的EV71病毒的特征。首次在国际上报道引起阜阳HFMD暴发流行的病毒为C4a进化分支的HEV71病毒，并证实其是与CA16重组的病毒。后又通过对安徽阜阳病毒代表株的全基因组序列测定和分析，进一步证实安徽阜阳病毒与肠道病毒A组中的CAV16, 14，4在非结构基因P2和P3区有重组；安徽阜阳的此重组株病毒来源于1998年的C4b深圳株，由C4b进化为C4a，在中国大陆至少持续流行14年；证实从轻型病例和死亡病例分离到的EV71病毒没有相应的特征性的基因组序列特征的改变。通过交叉中和实验研究，证实安徽阜阳分离株和HEV71原型株、C2株及CA16无交叉保护。通过本课题的研究，丰富了我国HEV71分子特征本底资料，为我国制定由HEV71引起的HFMD 的预防和控制策略提供了科学依据，并为追踪阜阳HEV71的传播趋势和病毒基因变异规律打下科学基础，也为HEV71的疫苗研制提供了病毒毒株库和基因数据库。