胆固醇对细胞膜偶极电位的影响及其机理的理论研究
项目介绍
AI项目解读
基本信息
- 批准号:21863002
- 项目类别:地区科学基金项目
- 资助金额:38.0万
- 负责人:
- 依托单位:
- 学科分类:B0302.化学模拟与应用
- 结题年份:2022
- 批准年份:2018
- 项目状态:已结题
- 起止时间:2019-01-01 至2022-12-31
- 项目参与者:闻水国; 高成贵; 吴旭普; 吴振华; 杨月菊; 张惠欣;
- 关键词:
项目摘要
The physical nature of the cholesterol effect on membrane dipole potential is the change in the structure of cell membranes. Exploring the effect of cholesterol on cell membrane structure requires the accurate understanding of cholesterol-water-lipid molecular interactions, which poses a great challenge to experimental investigation. Thus, molecular dynamics (MD) simulation has been extensively used as a complemental tool to experiment, providing helpful information. However, many popular fixed-charge force fields in use for MD studies cannot accurately describe the electrostatic interactions between molecules in cell membranes, leading to an unclear understanding of the cholesterol effect on membrane dipole potential. Here, we provide a solution to this issue. First, we will employ a polarizable model with considering the importance of polarization effect in the description of cholesterol-water-lipid electrostatic interactions. Second, we will develop a new CG model for cholesterol according to the electrostatics of cholesterol-water-lipid interactions. In this project, we use the polarizable model and the new developed CG model to systematically investigate the cholesterol effect on cell membrane structure and membrane dipole potential on different spatial levels. We will reveal the mechanism of the cholesterol effect on membrane dipole potential through exploring the relation between the cholesterol-water-lipid interactions and membrane dipole potential.
胆固醇影响细胞膜偶极电位的物理本质是胆固醇改变了细胞膜的结构。阐明胆固醇如何改变细胞膜结构关键在于探明胆固醇-水-磷脂之间的相互作用特征,而这对于实验研究来说仍是巨大的挑战。分子动力学模拟方法作为有效的工具弥补了实验方法的不足。然而,目前广泛采用的固定点电荷分子力场在描述胆固醇-水-磷脂之间的静电相互作用时仍存在缺陷,导致人们对胆固醇影响细胞膜偶极电位的认识仍不清晰。本项目针对这一问题提出了解决方案。首先,考虑到分子间极化作用对胆固醇-水-磷脂之间静电相互作用的重要性,我们采用可极化模型。其次,根据胆固醇-水-磷脂之间的静电相互作用特征,我们建立新型的胆固醇粗粒化模型。本项目以全原子可极化模型和新型粗粒化模型为出发点,从不同的空间尺度系统地研究胆固醇对不同类型细胞膜的结构和偶极电位的影响,探索胆固醇-水-磷脂之间的相互作用与细胞膜偶极电位的关系,阐明胆固醇改变细胞膜偶极电位的微观机理。
结项摘要
胆固醇影响细胞膜偶极电位的物理本质是胆固醇改变了细胞膜-水的界面结构。探明胆固醇如何改变细胞膜-水的界面结构关键在于阐明胆固醇-水-磷脂之间的相互作用特征,这对于实验研究来说仍是巨大的挑战。分子动力学模拟方法作为有效的工具弥补了实验方法的不足。然而,目前分子动力学模拟广泛采用的分子力场仍无法准确地描述胆固醇-水-磷脂之间的静电相互作用,导致人们对胆固醇影响细胞膜偶极电位的认识仍不清晰。本项目针对这一问题提出了解决方案。考虑到分子间静电相互作用对胆固醇-水-磷脂之间结构的重要性,我们构建了CHARMM36/TIP4P全原子模型和具有可极化特征的新型粗粒化模型。通过多尺度分子动力学模拟,从不同的空间尺度和不同时间尺度系统地研究胆固醇对不同类型细胞膜的结构和偶极电位的影响,探索胆固醇-水-磷脂之间的相互作用与细胞膜偶极电位的关系,阐明胆固醇改变细胞膜偶极电位的微观机理。
项目成果
期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(1)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Effect of Disulfide Bridge on the Binding of SARS-CoV-2 Fusion Peptide to Cell Membrane: A Coarse-Grained Study.
二硫桥对 SARS-CoV-2 融合肽与细胞膜结合的影响:一项粗粒度研究
- DOI:10.1021/acsomega.2c05079
- 发表时间:2022-10-18
- 期刊:ACS OMEGA
- 影响因子:4.1
- 作者:Shen, Hujun;Wu, Zhenhua
- 通讯作者:Wu, Zhenhua
Comparative study of the binding mode between cytochrome P450 17A1 and prostate cancer drugs in the absence of haem iron
无血红素铁条件下细胞色素P450 17A1与前列腺癌药物结合模式的比较研究
- DOI:10.1080/07391102.2018.1540360
- 发表时间:2019-01
- 期刊:Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
- 影响因子:4.4
- 作者:Dalong Song;Jihua Zhang;Yuanlin Wang;Jianxin Hu;Shuxiong Xu;Yuangao Xu;Hujun Shen;Xiaopeng Wen;Zhaolin Sun
- 通讯作者:Zhaolin Sun
Different Binding Modes of SARS-CoV‑1 and SARS-CoV‑2 Fusion Peptides to Cell Membranes: The Influence of Peptide Helix Length
SARS-CoV-1和SARS-CoV-2融合肽与细胞膜的不同结合模式:肽螺旋长度的影响
- DOI:10.1021/acs.jpcb.2c01295
- 发表时间:2022
- 期刊:J. Phys. Chem. B
- 影响因子:--
- 作者:Hujun Shen;Zhenhua Wu;Ling Chen
- 通讯作者:Ling Chen
Effect of Cholesterol and 6-Ketocholestanol on Membrane Dipole Potential and Sterol Flip-Flop Motion in Bilayer Membranes
胆固醇和 6-酮胆甾醇对双层膜中膜偶极电位和甾醇触发器运动的影响
- DOI:10.1021/acs.langmuir.9b01802
- 发表时间:2019
- 期刊:Langmuir
- 影响因子:3.9
- 作者:Hujun Shen;Zhenhua Wu;Kun Zhao;Hengxiu Yang;Mingsen Deng;Shuiguo Wen
- 通讯作者:Shuiguo Wen
Effects of Ether-Linkage on Membrane Dipole Potential and Cholesterol Flip-Flop Motion in Lipid Bilayer Membranes
醚键对脂质双层膜中膜偶极电位和胆固醇触发器运动的影响
- DOI:10.1021/acs.jpcb.9b06570
- 发表时间:2019
- 期刊:The Journal of Physical Chemistry B
- 影响因子:--
- 作者:Hujun Shen;Kun Zhao;Zhenhua Wu
- 通讯作者:Zhenhua Wu
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