胆固醇对细胞膜偶极电位的影响及其机理的理论研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    21863002
  • 项目类别:
    地区科学基金项目
  • 资助金额:
    38.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    B0302.化学模拟与应用
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2018
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2019-01-01 至2022-12-31

项目摘要

The physical nature of the cholesterol effect on membrane dipole potential is the change in the structure of cell membranes. Exploring the effect of cholesterol on cell membrane structure requires the accurate understanding of cholesterol-water-lipid molecular interactions, which poses a great challenge to experimental investigation. Thus, molecular dynamics (MD) simulation has been extensively used as a complemental tool to experiment, providing helpful information. However, many popular fixed-charge force fields in use for MD studies cannot accurately describe the electrostatic interactions between molecules in cell membranes, leading to an unclear understanding of the cholesterol effect on membrane dipole potential. Here, we provide a solution to this issue. First, we will employ a polarizable model with considering the importance of polarization effect in the description of cholesterol-water-lipid electrostatic interactions. Second, we will develop a new CG model for cholesterol according to the electrostatics of cholesterol-water-lipid interactions. In this project, we use the polarizable model and the new developed CG model to systematically investigate the cholesterol effect on cell membrane structure and membrane dipole potential on different spatial levels. We will reveal the mechanism of the cholesterol effect on membrane dipole potential through exploring the relation between the cholesterol-water-lipid interactions and membrane dipole potential.
胆固醇影响细胞膜偶极电位的物理本质是胆固醇改变了细胞膜的结构。阐明胆固醇如何改变细胞膜结构关键在于探明胆固醇-水-磷脂之间的相互作用特征,而这对于实验研究来说仍是巨大的挑战。分子动力学模拟方法作为有效的工具弥补了实验方法的不足。然而,目前广泛采用的固定点电荷分子力场在描述胆固醇-水-磷脂之间的静电相互作用时仍存在缺陷,导致人们对胆固醇影响细胞膜偶极电位的认识仍不清晰。本项目针对这一问题提出了解决方案。首先,考虑到分子间极化作用对胆固醇-水-磷脂之间静电相互作用的重要性,我们采用可极化模型。其次,根据胆固醇-水-磷脂之间的静电相互作用特征,我们建立新型的胆固醇粗粒化模型。本项目以全原子可极化模型和新型粗粒化模型为出发点,从不同的空间尺度系统地研究胆固醇对不同类型细胞膜的结构和偶极电位的影响,探索胆固醇-水-磷脂之间的相互作用与细胞膜偶极电位的关系,阐明胆固醇改变细胞膜偶极电位的微观机理。

结项摘要

胆固醇影响细胞膜偶极电位的物理本质是胆固醇改变了细胞膜-水的界面结构。探明胆固醇如何改变细胞膜-水的界面结构关键在于阐明胆固醇-水-磷脂之间的相互作用特征,这对于实验研究来说仍是巨大的挑战。分子动力学模拟方法作为有效的工具弥补了实验方法的不足。然而,目前分子动力学模拟广泛采用的分子力场仍无法准确地描述胆固醇-水-磷脂之间的静电相互作用,导致人们对胆固醇影响细胞膜偶极电位的认识仍不清晰。本项目针对这一问题提出了解决方案。考虑到分子间静电相互作用对胆固醇-水-磷脂之间结构的重要性,我们构建了CHARMM36/TIP4P全原子模型和具有可极化特征的新型粗粒化模型。通过多尺度分子动力学模拟,从不同的空间尺度和不同时间尺度系统地研究胆固醇对不同类型细胞膜的结构和偶极电位的影响,探索胆固醇-水-磷脂之间的相互作用与细胞膜偶极电位的关系,阐明胆固醇改变细胞膜偶极电位的微观机理。

项目成果

期刊论文数量(8)
专著数量(0)
科研奖励数量(1)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Effect of Disulfide Bridge on the Binding of SARS-CoV-2 Fusion Peptide to Cell Membrane: A Coarse-Grained Study.
二硫桥对 SARS-CoV-2 融合肽与细胞膜结合的影响:一项粗粒度研究
  • DOI:
    10.1021/acsomega.2c05079
  • 发表时间:
    2022-10-18
  • 期刊:
    ACS OMEGA
  • 影响因子:
    4.1
  • 作者:
    Shen, Hujun;Wu, Zhenhua
  • 通讯作者:
    Wu, Zhenhua
Comparative study of the binding mode between cytochrome P450 17A1 and prostate cancer drugs in the absence of haem iron
无血红素铁条件下细胞色素P450 17A1与前列腺癌药物结合模式的比较研究
  • DOI:
    10.1080/07391102.2018.1540360
  • 发表时间:
    2019-01
  • 期刊:
    Journal of Biomolecular Structure and Dynamics
  • 影响因子:
    4.4
  • 作者:
    Dalong Song;Jihua Zhang;Yuanlin Wang;Jianxin Hu;Shuxiong Xu;Yuangao Xu;Hujun Shen;Xiaopeng Wen;Zhaolin Sun
  • 通讯作者:
    Zhaolin Sun
Different Binding Modes of SARS-CoV‑1 and SARS-CoV‑2 Fusion Peptides to Cell Membranes: The Influence of Peptide Helix Length
SARS-CoV-1和SARS-CoV-2融合肽与细胞膜的不同结合模式:肽螺旋长度的影响
  • DOI:
    10.1021/acs.jpcb.2c01295
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    J. Phys. Chem. B
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Hujun Shen;Zhenhua Wu;Ling Chen
  • 通讯作者:
    Ling Chen
Effect of Cholesterol and 6-Ketocholestanol on Membrane Dipole Potential and Sterol Flip-Flop Motion in Bilayer Membranes
胆固醇和 6-酮胆甾醇对双层膜中膜偶极电位和甾醇触发器运动的影响
  • DOI:
    10.1021/acs.langmuir.9b01802
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    Langmuir
  • 影响因子:
    3.9
  • 作者:
    Hujun Shen;Zhenhua Wu;Kun Zhao;Hengxiu Yang;Mingsen Deng;Shuiguo Wen
  • 通讯作者:
    Shuiguo Wen
Effects of Ether-Linkage on Membrane Dipole Potential and Cholesterol Flip-Flop Motion in Lipid Bilayer Membranes
醚键对脂质双层膜中膜偶极电位和胆固醇触发器运动的影响
  • DOI:
    10.1021/acs.jpcb.9b06570
  • 发表时间:
    2019
  • 期刊:
    The Journal of Physical Chemistry B
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    Hujun Shen;Kun Zhao;Zhenhua Wu
  • 通讯作者:
    Zhenhua Wu

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其他文献

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在细胞膜环境下冠状病毒S蛋白与血管紧张素转化酶2(ACE2)结合的理论研究
  • 批准号:
    22167007
  • 批准年份:
    2021
  • 资助金额:
    35.00 万元
  • 项目类别:
    地区科学基金项目

相似国自然基金

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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