子囊菌营腐生或寄生生活，以朽木、富含腐殖质的土壤、腐败的果实和蔬菜、动植物的残体以及粪便等为基物而生长。一些种类可引起食物、布匹、皮革和木材的霉烂；有些种类可用于生产有机酸、抗菌素和维生素以及酿造工业；有很多种类是重要的植物病原菌；少数种类可寄生人、畜和昆虫。子囊菌的分类很复杂，目前还没有一个为不同真菌学家所公认的统一分类系统。子囊菌分类的关键问题在于用作经典分类依据的形态特征是否代表各个类群的系统发生关系及其演化过程。本项目将针对这一关键问题，应用多基因系谱学对腔菌纲、不整囊菌纲、核菌纲和盘菌纲等主要子囊菌的系统发生关系进行深入研究，构建系统发生关系的基因树，对子囊果、子囊膜的单或双、子囊壳及其有无孔口、子囊盘、子囊壁是否消解以及子囊孢子有无分隔等一系列主要的子囊菌经典分类形态特征进行分子评估和甄别，以便用作分类依据。