断裂蛋白内含子及蛋白质反式剪接是近十年来新兴的研究领域，有着广泛的应用前景。尽管天然断裂蛋白内含子比较少见，但通过基因工程的手段可以获得人工断裂蛋白内含子，而传统的S0型断裂蛋白内含子在应用上具有一定的局限性，我们拟构建并筛选多个具有高剪接活性的新型断裂蛋白内含子，并检测它们之间有无交叉反应和对相邻氨基酸的偏好性。我们将运用获得的S1型和S11型断裂蛋白内含子对重组蛋白质进行位点特异性的N端或C端标记或修饰，标记物可为荧光素、生物素或者聚乙二醇，从而建立一种蛋白质标记的新技术。该技术解决了传统的化学方法标记蛋白质的非特异性、产物不均一性等问题，开辟了蛋白质标记的新途径。同时新的S1型、S11型断裂蛋白内含子的发现以及其片段间的互补性研究也将有助于深入了解断裂蛋白内含子结构与功能的关系。