基于Ribo-minus深度转录组测序的miR-21在癌细胞中作用机制研究

批准号:
31200978
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
20.0 万元
负责人:
马利娜
依托单位:
学科分类:
C0602.基因表达及非编码序列调控
结题年份:
2015
批准年份:
2012
项目状态:
已结题
项目参与者:
孙永巧、黄俊、王亮、张若思、钟君
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中文摘要
已知miR-21调控大量重要肿瘤相关基因与多种癌症发生相关。由于胞内miRNA与靶基因的动态变化很难用软件预测,因此其他miRNA、靶mRNA以及内源竞争性非编码RNA(ceRNA)等都会直接或间接与miR-21对细胞癌变调控相关。为深入研究miR-21在癌细胞中作用机制,我们计划以正常和抑制miR-21表达的乳腺癌MCF-7细胞系为模型,运用Ribo-minus深度测序方法对mRNA、miRNA及长非编码RNA(lncRNA)的表达进行系统分析,组建相互作用网络,解析miR-21调控下转录组整体变化。筛选一批影响miR-21作用的关键基因和其它因子,并在已构建的乳腺癌从永生到癌变细胞模型中检测它们与miR-21的相关性,继而取乳腺癌样本及相应癌旁组织进行临床意义分析。此研究将使我们深入了解癌细胞中非编码RNA功能及不同类非编码RNA间的相互作用机制。
英文摘要
miR-21 regulates a great number of cancer-related genes and plays an important role in the development of many different cancers. Although there are ample software tools to be used in predicting target genes, it is difficult to predict how these target mRNAs vary in the cells. We analyze other miRNAs, target mRNAs, ceRNAs and other factors, which influence the miR-21 regulatory network directly or indirectly, to study the molecular mechanisms of miR-21 in cancer cells in depth and throughly based on deep transcriptomic sampling. We will first analyze the expression of mRNAs and long non-coding RNAs in normal and miR-21-repressed breast cancer cell line MCF-7 by using a Ribo-minus RNA-seq method, and then build interaction networks to illustrate the mechanisms. In addition, we will integrate the information of miRNAs to investigate the variation of the whole transcriptome of cancer cells under the miR-21 regulatory netwrok. We will select the key factors that can influence miR-21's function to investigate their correlation with the expression of miR-21 in the breast cancer cell models (nornal, immortal and tumorigenic cells) we have constructed, and then we analyze their clinical significance using clinical breast cancer tissues and the corresponding normal tissues. This study will expand our understanding on the regulatory mechanisms of non-coding RNAs and interactions among different non-coding RNAs. In a long term, we want to deveolp therapeutic tools for cancers based on our finding on RNA-centric regulatory mechanisms.
miR-21是一种高表达miRNA,其表达异常与很多癌症的发生均有密切关系。本课题的研究目的在于获得在乳腺癌中受到miR-21调控或影响的重要蛋白编码基因与非编码RNA(miRNA与lncRNA),研究miR-21在乳腺癌中的调控机制,为以miR-21为靶向的药物及治疗方法研发提供数据基础。我们对乳腺癌细胞系MCF-7中的miR-21进行了抑制(抑制剂浓度为0nM, 10nM, 50nM),并对抑制后的MCF-7细胞进行Ribo-Minus的RNA-seq测序及miRNA测序。对miR-21的抑制可以促进乳腺癌细胞的凋亡,抑制其生长繁殖。抑制miR-21后,发现667个表达上调与500个下调的蛋白编码基因; 149个表达上调的与99个下调的lncRNA基因;110个表达上调与4个下调的miRNA。这些蛋白编码基因与非编码基因的发现对于深入了解miR-21在癌症形成与治疗中的作用具有十分重要的意义。
期刊论文列表
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Information Commons for Rice (IC4R).
大米信息共享 (IC4R)
DOI:10.1093/nar/gkv1141
发表时间:2016-01-04
期刊:Nucleic acids research
影响因子:14.9
作者:IC4R Project Consortium;Hao L;Zhang H;Zhang Z;Hu S;Xue Y
通讯作者:Xue Y
DOI:10.4161/rna.24604
发表时间:2013-06
期刊:RNA biology
影响因子:4.1
作者:Ma L;Bajic VB;Zhang Z
通讯作者:Zhang Z
RiceWiki: a wiki-based database for community curation of rice genes.
RiceWiki:一个基于 wiki 的数据库,用于水稻基因的社区管理。
DOI:10.1093/nar/gkt926
发表时间:2014-01
期刊:Nucleic acids research
影响因子:14.9
作者:Zhang Z;Sang J;Ma L;Wu G;Wu H;Huang D;Zou D;Liu S;Li A;Hao L;Tian M;Xu C;Wang X;Wu J;Xiao J;Dai L;Chen LL;Hu S;Yu J
通讯作者:Yu J
Translational selection in human: more pronounced in housekeeping genes.
人类的翻译选择:在管家基因中更为明显
DOI:10.1186/1745-6150-9-17
发表时间:2014-07-10
期刊:Biology direct
影响因子:5.5
作者:Ma L;Cui P;Zhu J;Zhang Z;Zhang Z
通讯作者:Zhang Z
LncRNAWiki: harnessing community knowledge in collaborative curation of human long non-coding RNAs
LncRNAWiki:利用社区知识协作管理人类长非编码 RNA
DOI:10.1093/nar/gku1167
发表时间:2015-01-28
期刊:NUCLEIC ACIDS RESEARCH
影响因子:14.9
作者:Ma, Lina;Li, Ang;Zhang, Zhang
通讯作者:Zhang, Zhang
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