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28s rRNA 5'末端衍生小RNA分子生成机制及生物学功能研究
结题报告
批准号:
31400673
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
24.0 万元
负责人:
李帅
依托单位:
学科分类:
C0509.生物学过程与代谢
结题年份:
2017
批准年份:
2014
项目状态:
已结题
项目参与者:
杨壹羚、郑屹、薛慧琴、刘健、翟丽丽
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中文摘要
随着高通量测序技术在小RNA研究领域中的广泛应用,新小RNA不断出现,小RNA的来源亦不断得到拓展。既往研究表明rRNA可产生大量小RNA分子,但这些小RNA的产生机制及功能尚不清楚。本课题组前期研究发现rRNA衍生小RNA具有特殊的来源分布模式,即小RNA主要来自rRNA末端,其中以28s rRNA 5’末端衍生小RNA最为丰富,且这类rRNA末端衍生小RNA(rRNA-terminal-derived small RNA,rtsRNA)与过氧应激相关并具有与miRNA类似的调控功能。据此,本课题拟探索以下问题:1)rtsRNA在乳腺癌组织、癌旁组织中的表达及其与患者预后的关系;2)rtsRNA的加工生成机制;3)rtsRNA调控的下游靶基因及其生物学功能。本课题的完成,将深化我们对“rRNA降解过程具有主动生物学调控意义”的认识,同时扩展我们对小RNA来源及调控功能的认识。
英文摘要
Along with the development of small RNA high-throughput sequencing, many novel small RNAs were discovered and the source of small RNAs was greatly expanded. Peer-research showed that many small RNAs were originated from rRNA. But the biogenesis process and the function of these rRNA-derived small RNA is unknown. Basing on previous research, we found that these rRNA-derived small RNA mainly came from the terminal end of rRNA, especially from the 5’ terminal of 28s rRNA. Moreover, these rtsRNA (rRNA-terminal-derived small RNA) could be induced by peroxynitrite stress and could function as a miRNA. Our current project has triple-aims: 1) to dig out the relationship between rtsRNA expression and breast cancer; 2) to figure out the processing pathway of rtsRNA; 3) to find out the target genes and the biological function of rtsRNA. Our research will facilitate us to better understand the regulatory function of rRNA degradation and broaden our knowledge of the small RNA world.
本研究项目以一类新发现的rRNA末端衍生小RNA(rRNA-terminal-derived small RNA,rtsRNA)为研究对象,研究其表达模式、分子生成机制及生物学功能。通过对不同人体组织来源小RNA深度测序数据分析发现,细胞内大量小RNA来源于核糖体RNA,且呈现rRNA末端来源规律,尤以28s rRNA 5’末端来源小RNA表达最为丰富。通过分析Dicer、Dgcr8(miRNA生成通路两个关键基因)敲除小鼠细胞小RNA深度测序数据,我们发现rtsRNA的生成不依赖于miRNA加工生成途径。此外,通过分析Ago2结合小RNA深度测序数据(RIP-sequencing)发现Ago2不结合rtsRNA,即rtsRNA并不通过RISC复合物发挥调控功能。利用双氧水等过氧刺激哺乳动物细胞系会显著诱导rtsRNA的表达。利用RNA深度测序技术(RNA deep sequencing)发现过表达28s rRNA rtsRNA可以抑制GDF15以及多个核糖体蛋白(ribosomal protein)mRNA的表达。通过本项目的开展,我们发现了一类新的rRNA来源的小RNA,它们具有末端来源的特殊分布模式,不依赖于miRNA加工生成途径,受过氧应激诱导,过表达后可抑制GDF15以及多个核糖体蛋白mRNA的表达。本研究的完成,深化了我们对“rRNA 降解过程具有主动生物学调控意义”的认识,同时扩展了我们对小RNA 来源及调控功能的认识。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
A MicroRNA Expression Signature In Taxane-anthracycline-Based Neoadjuvant Chemotherapy Response.
基于紫杉烷-蒽环类药物的新辅助化疗反应中的 MicroRNA 表达特征
DOI:10.7150/jca.11616
发表时间:2015
期刊:Journal of Cancer
影响因子:3.9
作者:Zheng Y;Li S;Boohaker RJ;Liu X;Zhu Y;Zhai L;Li H;Gu F;Fan Y;Lang R;Liu F;Qian X;Xu B;Fu L
通讯作者:Fu L
PD-L1 Expression Is Associated with Tumor FOXP3(+) Regulatory T-Cell Infiltration of Breast Cancer and Poor Prognosis of Patient.
PD-L1 表达与乳腺癌肿瘤 FOXP3 调节性 T 细胞浸润及患者不良预后相关
DOI:10.7150/jca.14549
发表时间:2016
期刊:Journal of Cancer
影响因子:3.9
作者:Li Z;Dong P;Ren M;Song Y;Qian X;Yang Y;Li S;Zhang X;Liu F
通讯作者:Liu F
The nuclear expression of poly (ADP-ribose) polymerase-1 (PARP1) in invasive primary breast tumors is associated with chemotherapy sensitivity
侵袭性原发性乳腺肿瘤中聚(ADP-核糖)聚合酶-1(PARP1)的核表达与化疗敏感性相关
DOI:10.1016/j.prp.2014.11.004
发表时间:2015
期刊:PATHOLOGY RESEARCH AND PRACTICE
影响因子:2.8
作者:Zhai Lili;Li Shuai;Li Xiaoyan;Li Huilan;Gu Feng;Guo Xiaojing;Liu Fangfang;Zhahg Xinmin;Fu Li
通讯作者:Fu Li
基于线性双链DNA与门逻辑基因线路的合成生物学新方法的开发与应用
  • 批准号:
    31870860
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    59.0万元
  • 批准年份:
    2018
  • 负责人:
    李帅
  • 依托单位:
国内基金
海外基金