课题基金基金详情
甲壳动物转录因子及其功能的进化研究
结题报告
批准号:
41606143
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
19.0 万元
负责人:
覃静
依托单位:
学科分类:
D0604.生物海洋学与海洋生物资源
结题年份:
2019
批准年份:
2016
项目状态:
已结题
项目参与者:
朱嘉濠、陈廷峰、曾令铭、马嘉欣、梁境融、廖云石、黄慧仪
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中文摘要
甲壳动物亚门包括了许多具有重要的生态与经济价值的物种。随着对甲壳类动物水产品消耗的逐年递增,对甲壳动物的发育,生长与繁殖机制等方面的研究在水产、养殖、物种保育和生态保护等领域都有着重要的作用。在这些甲壳动物的生物过程中,转录因子对基因表达的调控起着非常重要的作用。然而,由于大多数甲壳动物尤其是具有重要的生态与经济价值的十足目基因组序列的缺乏,对这些物种的转录调控进行全面系统地研究变得极为困难。因此为了填补甲壳动物转录调控研究的空白,本项目拟产生并收集大量甲壳动物的转录组数据,鉴定91个甲壳类物种的转录组中的所有转录因子。通过多重生物信息学分析,本项目将研究转录因子在甲壳动物中的进化关系,推测其功能与转录调控网络在甲壳动物中的保守性与可变性,从而,为甲壳动物的研究者们提供丰富的信息,有助于研究甲壳动物各种生物过程中的转录调控机制。
英文摘要
Subphylum Crustacea includes species of major ecological and economic importance. Along with the increased consumption of crustacean seafood, understanding the regulatory mechanisms of growth, reproduction and development in crustaceans is vital to fisheries, aquaculture, biodiversity conservation and environmental protection. In these biological processes, transcription factors play an important role in regulating gene expression. However, due to the lack of genome sequence for most crustacean species, especially decapods of ecological and economic values, it is very difficult to study the transcriptional regulations of these species in a system-wide scale. Therefore, to fill the knowledge gap of transcriptional regulation study in crustaceans, this proposed study will generate and curate crustacean transcriptome data, and characterize the repertoire of transcription factors in 91 crustacean species. The evolution, functions and regulatory networks of crustacean transcription factors will be analyzed using a series of bioinformatics studies. The expected results will provide useful information for crustacean researchers to understand transcriptional regulatory mechanisms in crustacean biology.
甲壳动物是节肢动物的第二大亚门,包括螃蟹、龙虾、小龙虾、虾和藤壶等具有重要生态和经济意义的物种。随着甲壳动物水产养殖的迅速发展和生物多样性的丧失,了解甲壳动物的生长、繁殖和发展的基因调控机制对于这类生物的水产养殖发展和生物多样性保护都至关重要。在这些生物过程中,转录因子在调节基因表达中起着重要的作用,但关于甲壳类动物的转录因子的知识仍然极为匮乏。本项目测序和收集了170种甲壳动物的转录组,鉴定其中的所有转录因子,并预测其功能,同时研究了它们的进化关系。这些信息可于甲壳动物转录因子的功能与进化信息数据库(http://qinlab.sls.cuhk.edu.hk/CrusTF)中免费查询与下载。通过对多种甲壳动物转录调控系统进行比较,本项目发现了甲壳动物转录调控系统的多样性,以及与神经多肽调节系统的关系。为了比较甲壳类转录调控系统与其它生物的异同,本项目的研究也扩展到了所有真核生物的核酸结合蛋白。建立了真核生物的核酸结合蛋白数据库(http://qinlab.sls.cuhk.edu.hk/ENPD/),并发现了在甲壳动物中显著扩增的转录因子家族。此外,本项目组开发了一个新的转录调控网络构建算法,为进一步研究转录调控网络的进化提供了可行的方法。本项目通过系统而大量的转录组数据分析,揭示了甲壳动物转录因子家族与基因转录调控系统的构成和特征,为推动甲壳动物复杂生理过程中的基因调控机制研究提供了重要的信息。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Phylogenomic analyses of brachyuran crabs support early divergence of primary freshwater crabs
短蟹的系统发育分析支持初级淡水蟹的早期分化
DOI:10.1016/j.ympev.2019.02.001
发表时间:2019-06-01
期刊:MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION
影响因子:4.1
作者:Ma, Ka Yan;Qin, Jing;Tsang, Ling Ming
通讯作者:Tsang, Ling Ming
DOI:10.1186/s12864-017-4305-2
发表时间:2017-11-25
期刊:BMC genomics
影响因子:4.4
作者:Qin J;Hu Y;Ma KY;Jiang X;Ho CH;Tsang LM;Yi L;Leung RWT;Chu KH
通讯作者:Chu KH
Group Sparse Optimization via p,q Regularization
通过 p,q 正则化进行组稀疏优化
DOI:--
发表时间:2017
期刊:Journal of Machine Learning Research
影响因子:6
作者:Yaohua Hu;Kaiwen Meng;Jing Qin;Xiaoqi Yang
通讯作者:Xiaoqi Yang
ENPD - A Database of Eukaryotic Nucleic Acid Binding Proteins: Linking Gene Regulations to Proteins
ENPD - 真核核酸结合蛋白数据库:将基因调控与蛋白质联系起来。
DOI:10.1093/nar/gky1112
发表时间:2019-01-08
期刊:NUCLEIC ACIDS RESEARCH
影响因子:14.9
作者:Leung, Ricky Wai Tak;Jiang, Xiaosen;Qin, Jing
通讯作者:Qin, Jing
早期肺腺癌特异性活性增强子的功能与机制研究
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    省市级项目
  • 资助金额:
    15.0万元
  • 批准年份:
    2024
  • 负责人:
    覃静
  • 依托单位:
基于关键转录调控网络虚拟筛选可操控细胞命运的活性分子的方法研究
  • 批准号:
    --
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    58万元
  • 批准年份:
    2021
  • 负责人:
    覃静
  • 依托单位:
国内基金
海外基金