生物学家一直在试图理解是哪些基因和哪些类型的DNA变异导致了有机体表型多样性这一生命科学的基本问题。研究表明，大量不同的基因参与了表型特征的发育与塑造，而这些基因之间复杂的相互作用形成一个个调控网络，从而保证这些基因在时空上表达的一致性。结合目前国内外的研究进展和申请者这几年来的探索，拟申请的研究将把基于GO(Gene Ontology )的基因关联网络整合到基因共表达网络中去，并结合遗传变异数据，利用遗传基因组学（Genetical Genomics）/系统遗传学（Systems Genetics）的方法推断出与植物(例如拟南芥)复杂性状相关的基因调控网络，试图在分子系统生物学的水平上更好地理解这些复杂性状的遗传学基础。这些研究结果将为今后进一步展开与植物相关的进化和生态学问题（如：上位作用、多效应现象以及表型的可塑性等）的研究打下良好的基础。