结构域（domain）是蛋白质的结构、功能和进化的单位。大多数蛋白质由一个或多个结构域组成，多结构域蛋白质的进化过程主要表现为不同结构域的插入、获得、缺失以及相同结构域的重复等。在蛋白质结构域架构（domain architecture）的水平上研究多结构域蛋白质的进化，分析不同结构域架构之间的进化关系，对于理解多结构域蛋白质之间以及结构域之间的功能关系是非常重要的。越来越多的蛋白质三维结构数据给结构域架构的进化研究提供了宝贵的材料，我们将用统计学方法研究蛋白质三维结构的结构域组合规律，从结构域插入这一进化过程入手深入到基因的水平上，在基因的重复、重组、融合和分裂等基本进化事件及其相互关系中，用生物信息学特别是系统发育分析、机器学习等工具，探究结构域架构的进化过程和分子机制以及相伴随的新基因的起源和进化问题。