通过对健康珊瑚礁和受损珊瑚礁的对比研究，量化珊瑚生长和光合作用两个主要生态过程在胁迫条件下的变化，阐明虫黄藻自然生长速率和珊瑚虫对不同微型颗粒的摄食压力这两个悬而未明的科学问题。分析不同外界环境压力下，珊瑚两种营养途径即虫黄藻光合作用和颗粒摄食相互关系。同时，通过本研究，进一步弄清珊瑚礁生物群落之间的营养关系（包括珊瑚虫和数量巨大的其他悬浮捕食者）及其他底栖的悬浮捕食者对珊瑚礁水域微生物群落结构的影响。着重研究陆源输入增加（无机悬浮颗粒增加，光照减少，营养盐增加），对虫黄藻的光合作用速率和珊瑚虫摄食速率及摄食种类的影响。全面揭示近岸珊瑚礁生态系统在健康和受损（白化）状态下的生物能量转换过程，以及珊瑚与周围环境之间的C和营养（N、P）通量。