基于多道DNA-Peptide探针/准定向蛋白质组学法的microRNA定量方法研究
结题报告
批准号:
21605086
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
20.0 万元
负责人:
许飞飞
依托单位:
学科分类:
B0404.化学与生物传感
结题年份:
2019
批准年份:
2016
项目状态:
已结题
项目参与者:
张丽颖、刘亮、周伟贤、蒋文婷、曹建翔
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中文摘要
研究表明,在肿瘤诊断中多组分miRNAs联合监测比单个miRNA效率更高,具有重要的科学价值和研究意义。然而,将多组分miRNAs用于临床诊断的先决条件之一就是精确定量其表达水平。本项目将以前期工作为研究基础,在预实验筛选多个高响应报告肽段的基础上,合成多道DNA-多肽探针,把多组分miRNAs的量化信号转化为对多肽的检测,利用定向蛋白质组学质谱多反应监测技术实现对它们的精确定量;并进一步探索优化各步骤实验参数,在一定数量的乳腺癌生物样本中进行系统验证和方法学的完善。该方法将定向蛋白质组学的高通量、高灵敏度、高特异性且能够绝对定量的优点成功地嫁接到 miRNAs 的分析研究,同时还兼具操作简单快速、无需对miRNA进行富集或扩增等优点。本项目有望为多组分miRNAs的检测提供一种高效、快捷、通量化的绝对定量新方法,并为研究多组分miRNAs与临床肿瘤精确诊断的相关性提供新的理论依据。
英文摘要
Studies have demonstrated that determination of multiple miRNAs in tumor diagnosis is more efficient than a single miRNA, which is of great scientific value and research significance. However, one of the prerequisites for the use of multiple miRNAs in clinical diagnosis is the accurate quantification. On the basis of the previous research work and the pre-experimental results of high-responding peptides, we will convert the signal of multiple miRNAs into reporter peptides by synthesized and identified multiple DNA-Peptide Probe and the reporter peptides are ultimately quantified using LC-MS/MS-based targeted proteomics. Based on the method, we will further optimize the experimental parameters in each step and a number of breast cancer samples will be used for the validation of biological systems and the improvement of the methodology additionally. This method will redirect the advantages of proteomics such as high-throughput, high sensitivity, specificity and absolute quantification to the study of miRNAs, while possesses quick and simple operation, especially with no need of miRNA enrichment or amplification and so on. The research will help to provide an efficient, fast, and high throughput absolute quantification method for the detection of multiple miRNAs, also a new theoretical basis for the correlation between multiple miRNAs and clinical breast tumor accurate diagnosis.
肿瘤诊断中,多组分miRNAs联合监测比单个miRNA效率更高,具有重要的科学价值和研究意义。然而,将多组分miRNAs用于临床诊断的先决条件之一就是精确定量其表达水平。针对目前多组分miRNAs精确定量的不足,我们开发了基于多道DNA-Peptide探针/准定向蛋白质组学法的microRNA定量方法研究。通过信息学预测和质谱实验筛选多个高响应报告肽段的基础上,合成多道DNA-多肽探针,利用DNA-多肽探针把多组分miRNAs的量化信号转化为对多肽的检测,利用靶向蛋白质组学质谱的多反应监测技术实现对它们的精确定量;在验证了探针的合成和稳定性的基础上,考察了杂交的特异性和敏感性。此外,我们利用了数学矩阵校正了DNA-多肽探针与非靶miRNA的非特异性杂交,并利用完善的方法学用来检测乳腺癌细胞系和一定数量的乳腺癌生物样本中。本项目为多组分miRNAs的检测提供一种高效、快捷、通量化的绝对定量新方法,并为揭示多组分miRNAs与乳腺癌发生发展的相关性提供数据支持。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Duplex-Specific Nuclease-Mediated Amplification Strategy for Mass Spectrometry Quantification of MiRNA-200c in Breast Cancer Stem Cells
用于乳腺癌干细胞中 miRNA-200c 质谱定量的双链体特异性核酸酶介导的扩增策略
DOI:10.1021/acs.analchem.8b04468
发表时间:2019-07-16
期刊:ANALYTICAL CHEMISTRY
影响因子:7.4
作者:Kuang, Yuqiong;Cao, Jianxiang;Chen, Yun
通讯作者:Chen, Yun
A Combination of DNA-peptide Probes and Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry (LC-MS/MS): A Quasi-Targeted Proteomics Approach for Multiplexed MicroRNA Quantification.
DNA 肽探针与液相色谱-串联质谱 (LC-MS/MS) 的组合:多重 MicroRNA 定量的准靶向蛋白质组学方法
DOI:10.7150/thno.19113
发表时间:2017
期刊:Theranostics
影响因子:12.4
作者:Xu F;Zhou W;Cao J;Xu Q;Jiang D;Chen Y
通讯作者:Chen Y
Improved Detection of HER2 by a Quasi-Targeted Proteomics Approach Using Aptamer-Peptide Probe and Liquid Chromatography-Tandem Mass Spectrometry
使用适体-肽探针和液相色谱-串联质谱法的准靶向蛋白质组学方法改进 HER2 检测
DOI:10.1373/clinchem.2017.274266
发表时间:2018
期刊:Clinical Chemistry
影响因子:9.3
作者:Zhou Weixian;Xu Feifei;Li Danni;Chen Yun
通讯作者:Chen Yun
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