马六甲肉食螨是一种捕食性螨类，广泛分布于贮藏粮食、植物叶、树皮、地面枯枝落叶和动物巢穴等环境中，能捕食粉螨、叶螨、瘿螨及介壳虫等小型动物。是害螨重要的生物防治作用物。本研究使用线粒体COI基因和12S rRNA基因作为分子标记，调查了马六甲肉食螨的种群遗传结构。本研究从中国境内34个不同采样点的粮食储藏物中，采集到了256只马六甲肉食螨。序列比对后发现，COI基因序列有50种单倍型，12S rRNA基因序列有9种单倍型。基于COI基因序列的单倍型网络图、贝叶斯树以及最大简约树都有3个分支，基于12S rRNA基因序列的单倍型网络图、贝叶斯树以及最大简约树的分支数都为2。单倍型网络图与系统发育树中，单倍型的聚类与它们的地理分布没有显著的相关性。分子方差分析的结果表明，种群之间的遗传变异相对较小，变异主要发生在种群内部。根据以上结果，我们推测，本研究检测到的马六甲肉食螨种群遗传结构，可能是长期气候环境与近期人为干扰双重作用的结果。