锦紫苏类病毒RNA重组及其致病性变异的分子基础

批准号:
31171819
项目类别:
面上项目
资助金额:
60.0 万元
负责人:
李世访
依托单位:
学科分类:
C1401.植物病理学
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
肖红、姜冬梅、张志想、葛蓓孛、牛飞庆、贺振
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中文摘要
已发现的锦紫苏类病毒(Coleus blumei viroid 1-6)共6种,其中CbVd 5和6是申请人于近年在世界上首次发现的两个新种,也是我国报道的仅有的两个类病毒新种。从二级结构上看,CbVd 2、6分别是由CbVd 1/CbVd 3、CbVd 3/CbVd 5在自然条件下发生重组形成的;而CbVd 4则是根据结构域人工构建的重组体,也具有自我复制能力。虽然已认识到CbVd分子间存在着频繁的重组现象,但迄今为止对其重组发生的规律和生物学意义仍不清楚。本研究首先从不同地区大量采集锦紫苏样品,通过高通量测序研究自然状态下锦紫苏类病毒的重组和变异规律;同时构建CbVd 1到6的类病毒侵染性克隆,通过单独或两两组合的方式接种锦紫苏无毒苗,分析子代类病毒的重组和序列变异情况。通过以上两条途径,揭示在自然条件和人工接种条件下类病毒之间可能存在的重组及序列变异规律,以及致病性变异的分子基础。
英文摘要
锦紫苏是世界范围内广泛种植的一种观赏植物,目前为止,世界上共发现了6种侵染锦紫苏的类病毒,分别为:锦紫苏类病毒-1~6(CbVd-1~CbVd-6)。所有已发现的锦紫苏类病毒具有共同的中央保守区序列,而且锦紫苏类病毒具有广泛重组的特性。虽然CbVd-1已被证明广泛存在于世界各国,但其他五种锦紫苏类病毒的相关信息却十分有限,特别是CbVd-5和CbVd-6,目前还没有关于这两种类病毒生物学方面的报道。本研究建立了一种锦紫苏类病毒的快速杂交检测方法,将锦紫苏类病毒中央保守区上游的32个相同的核苷酸序列扩增8倍后用于制备检测所有锦紫苏类病毒的通用探针—8CCR探针。该探针可以通过斑点杂交一次性确定样品中是否携带锦紫苏类病毒,通过Northern杂交技术可以一次性确定样品中感染锦紫苏类病毒的种类。此快速检测方法简单高效,成本较低,适用于锦紫苏类病毒的批量检测及大规模调查,对其他类病毒,甚至病毒快速检测方法的建立也具有借鉴意义。利用这一快速检测方法,结合RT-PCR等其它分子生物学检测技术,本研究对锦紫苏类病毒的发生情况进行了疫情普查。从中国、印度及印度尼西亚共采集1118个锦紫苏样品,检测结果表明:CbVd-1和CbVd-5广泛存在于这三个国家中;CbVd-2,CbVd-3和CbVd-6仅在中国样品中检测到;所有的样品中均没有检测到CbVd-4。本研究结果是CbVd-1和CbVd-5在印度尼西亚的首次报道,也是CbVd-5在印度的首次报道。另外,本研究还利用侵染性克隆技术,首次确认了CbVd-1、CbVd-3、CbVd-5和CbVd-6中国地区分离物的生物学活性,证实了CbVd-5和CbVd-6可以通过种子进行传播。研究结果表明:不同锦紫苏类病毒在同一种寄主植物中的侵染时间从45天到300天不等,确认了CbVd-5和CbVd-6的生物学活性,为其分类地位的确立提供了确凿的分子生物学证据。子代序列分析结果表明:锦紫苏类病毒的遗传多样性不仅与寄主的选择压力有关,也与类病毒自身的特性有关。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:10.1016/j.jviromet.2012.10.006
发表时间:2013-02
期刊:Journal of virological methods
影响因子:3.1
作者:
通讯作者:
First report of Coleus blumei viroid 5 from Coleus blumei in India and Indonesia
印度和印度尼西亚首次报告彩叶草类病毒 5
DOI:--
发表时间:2013
期刊:Plant Disease
影响因子:4.5
作者:Li Shifang;Fu Fanghong;Wu Zujian;Xie Lianhui
通讯作者:Xie Lianhui
Infectious cDNA clones of four viroids in Coleus blumei and molecular characterization of their progeny
彩叶草中四种类病毒的感染性 cDNA 克隆及其后代的分子特征
DOI:10.1016/j.virusres.2013.11.014
发表时间:2014-02-13
期刊:VIRUS RESEARCH
影响因子:5
作者:Jiang, Dongmei;Gao, Rui;Li, Shifang
通讯作者:Li, Shifang
李痘病毒在四种果树中的序列变异及种群演化分析
- 批准号:32272515
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:54万元
- 批准年份:2022
- 负责人:李世访
- 依托单位:
RNA指导的RNA聚合酶1基因在植物防御类病毒侵染中的作用及机制
- 批准号:--
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:58万元
- 批准年份:2020
- 负责人:李世访
- 依托单位:
基于高通量测序发现荔枝中新的类病毒及其致病性鉴定
- 批准号:31672009
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:60.0万元
- 批准年份:2016
- 负责人:李世访
- 依托单位:
苹果和葡萄中环状小RNA分子的鉴定及其致病性研究
- 批准号:31471747
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:85.0万元
- 批准年份:2014
- 负责人:李世访
- 依托单位:
锦紫苏类病毒间重组与进化关系研究
- 批准号:30970134
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:8.0万元
- 批准年份:2009
- 负责人:李世访
- 依托单位:
啤酒花矮化类病毒重组突变体及其生物学功能
- 批准号:30771403
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:32.0万元
- 批准年份:2007
- 负责人:李世访
- 依托单位:
酵母双链RNA酶的功能分析及抗病毒活性鉴定
- 批准号:30571260
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:24.0万元
- 批准年份:2005
- 负责人:李世访
- 依托单位:
双链RNA分解酶基因的克隆及广谱抗病毒病辣椒的培育
- 批准号:30370979
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:18.0万元
- 批准年份:2003
- 负责人:李世访
- 依托单位:
国内基金
海外基金
