基于酶分子序列和结构信息的酶功能预测
批准号:
30700137
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
16.0 万元
负责人:
张子丁
依托单位:
学科分类:
物理生物学
结题年份:
2010
批准年份:
2007
项目状态:
已结题
项目参与者:
唐玉荣、陈永孜、贺飞、王维轩
中文摘要
基因组学、蛋白质组学和结构基因组学的研究积累了大量的蛋白质序列和结构信息,如何实现对这些蛋白的功能预测是当前生物信息学研究的一个重大课题。本项目将致力于开发基于酶分子序列和结构信息的酶功能预测的新算法。强调通过系统分析酶分子中活性位点氨基酸所处的序列和结构特征,提取可用于区分活性位点和非活性位点氨基酸的新参数,采用遗传神经网络方法,开发出预测酶分子结构中活性位点氨基酸的新算法。同时,开发通过搜索酶活性位点结构数据库来预测酶功能的新算法。对以上两种算法整合成一个酶功能预测系统,即先预测活性位点并构造活性位点候选区域,再通过活性位点数据库搜索,达到对酶功能预测获得的信息最大化。本项目的实施不仅可增进我们对酶序列、结构和功能关系的理解,其研究结果还可直接用于加速目前功能基因组研究中对基因编码蛋白质的功能注释。
英文摘要
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DOI:
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发表时间:
--
期刊:
Current Bioinformatics
影响因子:
4
作者:
[Zhang, Ziding, Sheng, Zhi-Ya, Zhao, Dongbin, Tang, Yu-Rong]
通讯作者:
Tang, Yu-Rong
TIM-Finder: a new method for identifying TIM-barrel proteins.
TIM-Finder:鉴定 TIM 桶蛋白的新方法
DOI:
10.1186/1472-6807-9-73
发表时间:
2009-12-14
期刊:
BMC structural biology
影响因子:
--
作者:
[Si JN, Yan RX, Wang C, Zhang Z, Su XD]
通讯作者:
Su XD
DOI:
10.1093/protein/gzn003
发表时间:
2008-05-01
期刊:
PROTEIN ENGINEERING DESIGN & SELECTION
影响因子:
2.4
作者:
[Tang, Yu-Rong, Sheng, Zhi-Ya, Zhang, Ziding]
通讯作者:
Zhang, Ziding
深度学习赋能的人与病毒蛋白相互作用的预测和分析
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批准号:--
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项目类别:面上项目
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资助金额:54万元
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批准年份:2022
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负责人:张子丁
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依托单位:
基于大规模RNA-Seq数据的植物胁迫响应的可变剪接规律研究
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批准号:31970645
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项目类别:面上项目
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资助金额:58.0万元
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批准年份:2019
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负责人:张子丁
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依托单位:
基于大规模蛋白互作位点数据的植物-病原菌相互作用计算分析
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批准号:31471249
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项目类别:面上项目
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资助金额:60.0万元
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批准年份:2014
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负责人:张子丁
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依托单位:
植物免疫基因功能网络的构建与动态性分析
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批准号:31271414
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项目类别:面上项目
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资助金额:80.0万元
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批准年份:2012
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负责人:张子丁
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依托单位:
基于蛋白互作网络和基因表达数据的拟南芥成花转变过程分析
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批准号:31070259
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项目类别:面上项目
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资助金额:33.0万元
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批准年份:2010
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负责人:张子丁
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依托单位:
国内基金
海外基金