抗水稻纹枯病井冈霉素是我国自主开发、应用面积最广、产业化最为成功的重要农用抗生素，而且环境友好、无毒、几乎没有抗药性的报道。在前期深入阐明其生物合成机理的基础上，我们精细测定了井冈霉素野生型产生菌吸水链霉菌井冈变种5008和高产工业菌株的全基因组序列，在工业菌株中发现了3个大片段缺失、123个SNP和40个InDel位点，为通过比较基因组研究揭示井冈霉素高产机制奠定了基础。. 利用前期工作中所优化的遗传操作、发酵提取、分析分离等技术平台，我们将考察比较野生型与工业菌株、普通与高产发酵培养基、不同培养温度等因子，通过大量基因敲除与回补、转录组学、蛋白组学等系统研究，揭示井冈霉素合成的代谢网络和调控网络，鉴别关键影响因子，阐明井冈霉素产生的高温调控机制。并在此基础上，通过多重基因敲除和多个正效遗传因子的引入，将工业菌株改造成为产量更高、发酵性能更为优良的高产菌株。