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细菌NADP-依赖性单体与二聚体异柠檬酸脱氢酶之间的分子进化关系
结题报告
批准号:
31170005
项目类别:
面上项目
资助金额:
60.0 万元
负责人:
朱国萍
依托单位:
学科分类:
C0101.微生物多样性、分类与系统发育
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
林凌、葛亚东、徐蕾、王鹏、王宝娟、曹正宇、宋平
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中文摘要
异柠檬酸脱氢酶(IDH)是起源古老、结构保守、功能多元的一大类酶家族,是蛋白质功能演化、线粒体起源及药物开发等研究的最佳模型之一。单体NADP-IDH和二聚体NADP-IDH的氨基酸序列同源性不高,但它们的晶体拓扑结构极其相似,因此提出了单体IDH可能由二聚体IDH的祖先经过结构域融合演化而来的进化假说,但这个假说缺乏实验性证据。本项目期望利用晶体学数据及体外分子定向进化技术,通过模式生物大肠杆菌和枯草杆菌二聚体IDH的结构域融合来构建单体IDH,为进化假说提供更多实验性依据。同时通过单体IDH的结构域倍增、插入等机制,以获得二聚体IDH,追溯单体IDH的祖先蛋白。再通过染色体同源重组构建包含链霉菌单体IDH基因的大肠杆菌菌株,根据重组菌株在贫瘠碳源上的生长情况,来检测单体IDH能否具有二聚体IDH在乙醛酸旁路中的调节功能,为探索细菌单体IDH和二聚体IDH的分子进化关系提供更多依据。
英文摘要
尽管单体异柠檬酸脱氢酶(IDH)与二聚体IDH的序列一致性不高,但活性位点的氨基酸高度保守,且晶体折叠拓扑结构极其相似。因此提出了单体IDH可能由二聚体IDH经过基因的倍增、置换、插入或删除演化而来的假说,但需要实验性数据支持。.以染色体步移法克隆淀粉酶链霉菌IDH (SdIDH) 基因。SdIDH为80 kDa单体IDH,对NADP+的专一性是其对NAD+的18,700倍(Mn2+)和31,800倍(Mg2+)。变铅青链霉菌单体IDH(SlIDH)的晶体结构被解析,分辨率为2.9 Å。新建的IDH系统发生树显示,该家族可分为 Type I、Type II及单体三个亚族,且包含4个新进化分支。3个亚族都包含了具有古老表型的NAD-IDH及其演化而来的NADP-IDH。IDH家族的系统分类补充完整。.4轮随机突变和筛选后获得MonoIDH8。MALDI-TOF/TOF质谱等实验显示,MonoIDH8为约66.8 kDa的单体酶。在Mg2+条件下,MonoIDH8对NADP+的亲和力与E. coli 二聚体NADP-IDH (EcIDH)接近;在Mn2+条件下,MonoIDH8对NADP+和ICT的转换数分别达到EcIDH的57%和58%。MonoIDH8对NADP+的催化效率和野油菜黄单胞菌单体IDH相当,其对ICT的催化效率是北极耐冷细菌单体IDH的1.7倍。因此EcIDH已成功转变为有活性的单体NADP-IDH。通过打断、删除、随机突变和筛选,获得由单体SlIDH改造而来的酶。分子筛层析显示SlIDHα主要以二聚体形式存在,但没有活性,需进一步改造。基于二聚体和单体NADP-IDH之间的相互转换,进化路径可能为:(1)二聚体NAD-IDH进化为单体NAD-IDH,后者的辅酶特异性再向NADP+转变;(2)二聚体NAD-IDH演化为二聚体NADP-IDH,后者再进化为单体NADP-IDH。.通过同源重组构建包含单体IDH的重组菌株。在葡萄糖或乙酸中,重组菌株都能生长。在乙酸中时,包含单体NADP-IDH菌株的IDH比活力升高了3倍,其它菌株都下降了,可能是NADPH需求导致的选择结果。所有菌株的ICL比活力都提高了,野生型菌株提高最显著,可能是其IDH磷酸化作用及乙醛酸旁路的启动更有效。单体IDH在TCA循环中也能发挥类似EcIDH的功能,但需要进一步深入研究。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:10.1007/s12010-013-0373-1
发表时间:2013-09-01
期刊:APPLIED BIOCHEMISTRY AND BIOTECHNOLOGY
影响因子:3
作者:Li, Xue;Wang, Peng;Zhu, Guoping
通讯作者:Zhu, Guoping
Single arginine mutation in two yeast isocitrate dehydrogenases: biochemical characterization and functional implication.
两种酵母异柠檬酸脱氢酶中的单一精氨酸突变:生化特征和功能含义。
DOI:10.1371/journal.pone.0115025
发表时间:2014
期刊:PloS one
影响因子:3.7
作者:Song P;Wei H;Cao Z;Wang P;Zhu G
通讯作者:Zhu G
Identification of a novel fumarase C from Streptomyces lividans TK54 as a good candidate for malate production
鉴定来自浅青紫链霉菌 TK54 的新型延胡索酸酶 C,作为苹果酸生产的良好候选者
DOI:10.1007/s11033-013-2885-8
发表时间:2014-01-01
期刊:MOLECULAR BIOLOGY REPORTS
影响因子:2.8
作者:Su, Rui-Rui;Wang, Ao;Wang, Wen
通讯作者:Wang, Wen
Novel type II and monomeric NAD+ specific isocitrate dehydrogenases: phylogenetic affinity, enzymatic characterization, and evolutionary implication.
新型 II 型和单体 NAD 特异性异柠檬酸脱氢酶:系统发育亲和力、酶学特征和进化意义。
DOI:10.1038/srep09150
发表时间:2015-03-16
期刊:Scientific reports
影响因子:4.6
作者:Wang P;Lv C;Zhu G
通讯作者:Zhu G
Identification of a novel fumarase C from Streptomyces lividans TK54 as a good candidate for L-malate production.
从浅青紫链霉菌 TK54 中鉴定出一种新型富马酸酶 C,作为 L-苹果酸生产的良好候选者。
DOI:--
发表时间:2014
期刊:Molecular Biology Reports
影响因子:2.8
作者:Hou Songtao;Gao Peng;Zhu Guoping;Wang Wen
通讯作者:Wang Wen
异柠檬酸脱氢酶家族中一类结构独特的新型蛋白的性质、结构、功能及进化意义研究
  • 批准号:
    32071270
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    58万元
  • 批准年份:
    2020
  • 负责人:
    朱国萍
  • 依托单位:
海洋微型生物异柠檬酸脱氢酶的功能鉴定及进化机制研究
  • 批准号:
    31570010
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    63.0万元
  • 批准年份:
    2015
  • 负责人:
    朱国萍
  • 依托单位:
链霉菌单体异柠檬酸脱氢酶的分子进化机制
  • 批准号:
    31040003
  • 项目类别:
    专项基金项目
  • 资助金额:
    10.0万元
  • 批准年份:
    2010
  • 负责人:
    朱国萍
  • 依托单位:
E.coli异柠檬酸脱氢酶分子进化机制的普遍性研究
  • 批准号:
    30870062
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    35.0万元
  • 批准年份:
    2008
  • 负责人:
    朱国萍
  • 依托单位:
异柠檬酸脱氢酶的分子进化机制及相关代谢途径的研究
  • 批准号:
    30500300
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    39.0万元
  • 批准年份:
    2005
  • 负责人:
    朱国萍
  • 依托单位:
国内基金
海外基金