非编码保守序列（Conserved Noncoding Sequences，缩写CNS）由于其严格保守性可用于设计能广泛应用的特异PCR引物，两个CNS之间以及CNS和Exon之间序列的多变性为多态性提供了基础，从而可建立一种新的以PCR为基础的分子标记- - CNS－AFLP标记。本项目从寻找并记录禾本科植物基因的CNS入手，以CNS为模板设计引物，建立禾本科所有植物通用的CNS-AFLP标记引物系列(Pan-grasses PCR primers)；并利用这种新方法，研究狗尾草属物种间的起源进化关系，构建谷子的连锁图谱，并对谷子抗白发病基因进行定位或QTL分析，验证CNS-AFLP标记的实用性。CNS－AFLP标记是对SSR等PCR标记的重要补充，对于促进分子标记和禾谷类比较遗传学的发展及功能基因组研究有重要意义；同时也为狗尾草属遗传进化和谷子育种研究提供指导信息。