肺癌是一种发病率持续增高的恶性肿瘤，肺癌细胞高频率地近端侵袭及远端转移是导致患者死亡的主要原因。揭示癌细胞侵袭与转移过程特异性基因表达调控机制是一项极具挑战性的、成功率极低的研究工作。深度测序为认识基因组结构与功能提供了视角更广、解析率更高的实验分析手段。然而，深度测序由于其昂贵的费用，仍然不可能应用于群体水平的研究。为克服这一瓶颈，本项研究建议混合样本测序的基本策略，并展开由此产生的实验设计、数据分析的理论与方法学研究。同时将这一研究方法应用于不同类型非小细胞肺癌组织与相应癌旁组织的DNA、RNA以及microRNA混合样本的深度测序实验分析，进而寻找并验证与肺癌侵袭和转移能力密切相关的、新的特异性基因结构、表达剪切、miRNA变异类型等。本项研究不仅可以为深入认识非小细胞肺癌细胞侵袭与转移过程提供有价值的高解析率科学数据，也为深度测序在同类实验研究中的应用提供新的科学分析方法。