SELDI-TOF-MS技术作为一种高通量的检测方法，文献与我们的研究证明其在许多肿瘤中能提高诊断效能,但发现以下三个问题：1）实验结果可重复性较差；2）数据预处理中的信息丢失；3）建立的模型存在过拟合问题。各环节的质量控制和标准化工作就成为亟待解决的问题。我们已建立了完善的实验前、中操作规范，因此分析方法的标准化成为关键。常规分析方法主要有SVM、PCA+LDA、决策树、神经网络等，均存在缺陷。鉴于SELDI-TOF质谱图的非线性特征标志如不稳定、非平衡、无序和非一致性，启发我们用分形分维、小波分析、模式聚类及多种数据挖掘技术等多种非线性方法分析，以简化数据预处理过程，减少信息丢失，得到更准确的结果，前期的工作也证实了该方法的可行性。故利用高维非线性方法，结合患者的临床病理参数，开发具有自主知识产权的血清蛋白质谱分析软件，可准确识别不同时间、实验室提供的胃癌样本，为其临床推广应用打下基础