RNA结构稳健性及其进化动力学研究

批准号:
30700139
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
17.0 万元
负责人:
舒文杰
依托单位:
学科分类:
C0504.物理生物学
结题年份:
2010
批准年份:
2007
项目状态:
已结题
项目参与者:
倪铭、李非、李鹏、吴一波、孙汉昌、段铭、丁晓然、余光创、张敏丽
国基评审专家1V1指导 中标率高出同行96.8%
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中文摘要
随着RNA组学的兴起,RNA在生命活动中承载的重要功能不断被揭示出来,使得关于RNA进化与起源的问题重新成为生命科学的热点。生物稳健性是生物系统中一个最基本的性质。尽管近年来关于表型的遗传和环境稳健性的进化得到了普遍关注,但稳健性的起源及进化问题仍然没有得到根本的解决。造成这一现状的原因是因为在自然生物系统中,稳健性的评估是非常困难的。本项目拟将计算、理论模型与实验验证紧密融合,以RNA有害突变预测结果为基础,建立RNA结构稳健性的评估方法,并将其应用于RNA结构元件识别、RNA分子设计;运用反向推理,将研究对象由RNA结构稳健性的单点突变的近邻空间扩展到多点突变的整个序列空间,建立RNA进化动力学仿真平台及其动力学模型,研究RNA进化的规律。该项目的研究结果将为RNA结构稳健性的起源与机制、以及RNA进化研究奠定坚实的基础,同时将为稳健性的应用研究铺平道路。
英文摘要
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Correlation between sequence conservation and structural thermodynamics of microRNA precursors from human, mouse, and chicken genomes
人类、小鼠和鸡基因组中 microRNA 前体的序列保守性与结构热力学之间的相关性
DOI:10.1186/1471-2148-10-329
发表时间:2010-10-27
期刊:BMC EVOLUTIONARY BIOLOGY
影响因子:3.4
作者:Ni, Ming;Shu, Wenjie;Li, Songgang
通讯作者:Li, Songgang
In silico genetic robustness analysis of miRNA secondary structures: potential evidence of congruent evolution in miRNA
miRNA 二级结构的计算机遗传鲁棒性分析:miRNA 一致性进化的潜在证据
DOI:--
发表时间:--
期刊:BMC Evolutionary Biology
影响因子:3.4
作者:Zhiqiang Zheng;Xiaochen Bo;Shengqi Wang;Ming Ni;Wenjie Shu
通讯作者:Wenjie Shu
A novel representation of RNA secondary structure based on element-contact graphs.
基于元素接触图的 RNA 二级结构的新颖表示
DOI:10.1186/1471-2105-9-188
发表时间:2008-04-11
期刊:BMC bioinformatics
影响因子:3
作者:Shu W;Bo X;Zheng Z;Wang S
通讯作者:Wang S
In silico genetic robustness analysis of secondary structural elements within miRNA gene
miRNA 基因内二级结构元件的计算机遗传鲁棒性分析
DOI:--
发表时间:--
期刊:Journal of Molecular Evolution
影响因子:3.9
作者:Ming Ni;Wenjie Shu;Shengqi Wang;Xiaochen Bo;Zhiqiang Zheng
通讯作者:Zhiqiang Zheng
EvoRSR: an integrated system for exploring evolution of RNA structural robustness.
EvoRSR:用于探索 RNA 结构鲁棒性进化的集成系统
DOI:10.1186/1471-2105-10-249
发表时间:2009-08-13
期刊:BMC bioinformatics
影响因子:3
作者:Shu W;Ni M;Bo X;Zheng Z;Wang S
通讯作者:Wang S
多稳态变构核酸分子的理论设计与实验验证研究
- 批准号:31070639
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:8.0万元
- 批准年份:2010
- 负责人:舒文杰
- 依托单位:
国内基金
海外基金
