课题组已利用穗期耐冷性强的云南地方稻种"昆明小白谷"作供体亲本，选育了高代回交孕穗期耐冷性近等基因系NIL（十和田\昆明小白谷）。本课题利用特制NIL与轮回亲本"十和田"组配F2大群体，对F2单株和F3家系进行耐冷鉴定，采用BSA法（分离群体分组混合分析法）进行标记筛选和QTL精细定位。在精细定位的基础上,利用图位克隆并结合水稻序列信息克隆目标基因或QTL。此外，利用cDNA-AFLP技术对极端耐冷的近等基因系（BC8F3）进行mRNA差异显示，分离克隆孕穗期耐冷差异基因，分析耐冷差异表达基因的生理生化功能及其耐冷的分子机制。水稻耐冷以穗期耐冷最为重要，孕穗期冷害严重影响水稻产量，对孕穗期耐冷机制、遗传等研究是水稻耐冷研究的关键。能够精细定位和克隆穗期耐冷基因，对培育耐冷品种，减轻水稻冷害损失具有重大意义．