甜瓜枯萎病是由尖孢镰刀菌（Fusarium oxysporum f. sp. melonis）引起的的土传病害，是影响甜瓜生长发育的主要因素之一，被称为瓜类作物的“癌症”。本研究以抗/感枯萎病甜瓜为材料，通过扩增和比较Fom-2基因（抗甜瓜枯萎病病原菌生理小种0和1，单基因控制显性抗性）的LRR（亮氨酸）富集区，获得3个单核苷酸多态性位点（SNP），采用限制性内切酶酶切（dCAPS）和等位基因特异性PCR（AS-PCR）方法将SNP位点转化成了基于PCR的分子标记。然后在抗/感枯萎病甜瓜F1与F2代群体中验证SNP位点分离符合单基因控制的显性遗传规律。最后，采用开发的功能性分子标记筛选与鉴定甜瓜抗枯萎病种质资源10份，其中纯和抗性2份，杂合抗性8份。本项目最终建立甜瓜抗枯萎病生理小种0和1的分子育种技术，可大大提高选择的效率和效果，缩短了甜瓜抗枯萎病育种进程。