课题基金 / 基金详情

人肠道微生物组的基因预测与序列拼接方法研究

批准号：
30970667
项目类别：
面上项目
资助金额：
32.0 万元
负责人：
朱怀球
依托单位：
北京大学
学科分类：
物理生物学
结题年份：
2012
批准年份：
2009
项目状态：
已结题
项目参与者：
胡钢清、康宏、刘永初、罗成伟、郭江涛、曲姣、赖彬彬
关键词：
肠道微生物序列拼接基因预测宏基因组

项目摘要

结项摘要

项目成果

朱怀球的其他基金

相似基金

相关文献

中文摘要
本项目研究当前宏基因组学的两个重要的生物信息学问题：序列拼接和基因预测。以正在进行的人肠道微生物组为研究对象，根据宏基因组中随机片段序列的复杂特征，针对细菌和古细菌的基因组结构与序列信息，基于我们近年来在原核生物基因组研究成果的优势，发展一种从短序列片段（包括未拼接的reads和拼接得到的contigs）中预测编码蛋白基因的高效、准确的新方法；设计一种对短序列reads进行序列拼接的新算法，以期得到更长的contig甚至可能的全基因组序列；在序列片段的有效拼接和基因注释的基础上，进一步进行物种组分和优势种群基因组等探索性分析。最终开发出可应用于国际微生物组测序计划的序列拼接和基因注释软件。
英文摘要
本项目研究当前宏基因组学的两个重要的生物信息学问题：序列拼接和基因预测。以正在进行的人肠道微生物组为主要研究对象，根据宏基因组中随机片段序列的复杂特征，针对细菌和古细菌的基因组结构与序列信息，发展了从短序列片段（包括未拼接的reads和拼接得到的contigs）中预测编码蛋白基因的高效、准确的新方法，并开发了相应的软件MetaGun；设计了对短序列reads进行序列拼接的新算法MAP和MA-Pipeline；在序列片段的有效拼接和基因注释的基础上，进一步进行了代谢通路和物种社会关系的探索性分析。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Water dynamics clue to key residues in protein folding
水动力学揭示蛋白质折叠中关键残基
DOI： 10.1016/j.bbrc.2010.01.003
发表时间： 2010-01-29
期刊： BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
影响因子： 3.1
作者： [Gao, Meng, Zhu, Huaiqiu, She, Zhen-Su]
通讯作者： She, Zhen-Su
Leaderless genes in bacteria: clue to the evolution of translation initiation mechanisms in prokaryotes.
细菌中的无领导基因：原核生物翻译起始机制进化的线索
DOI： 10.1186/1471-2164-12-361
发表时间： 2011-07-12
期刊： BMC genomics
影响因子： 4.4
作者： [Zheng X, Hu GQ, She ZS, Zhu H]
通讯作者： Zhu H
Intermediate Structure and Slow Hydration Water Dynamics in Protein Folding Process
蛋白质折叠过程中的中间结构和缓慢水合水动力学
DOI： 10.3866/pku.whxb20100733
发表时间： 2010-07-01
期刊： ACTA PHYSICO-CHIMICA SINICA
影响因子： 10.9
作者： [Gao Meng, Yao Xin-Qiu, Zhu Huai-Qiu]
通讯作者： Zhu Huai-Qiu
基于迭代自学习的操纵子结构预测
DOI： --
发表时间： --
期刊： Progress in Biochemistry and Biophysics
影响因子： 0.3
作者： [吴文琪, 郑晓斌, 刘永初, 汤凯, 朱怀球]
通讯作者： 朱怀球
共 6 条
    病毒宿主和感染性预测及病毒系统分类的算法研究
    • 批准号：
      32070667
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      60.0万元
    • 批准年份：
      2020
    • 负责人：
      朱怀球
    • 依托单位：
      北京大学
    微生物群落环境适应性的宏基因组学研究
    • 批准号：
      31671366
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      62.0万元
    • 批准年份：
      2016
    • 负责人：
      朱怀球
    • 依托单位：
      北京大学
    极端微生物宏基因组微进化的计算生物学研究
    • 批准号：
      91231119
    • 项目类别：
      重大研究计划
    • 资助金额：
      100.0万元
    • 批准年份：
      2012
    • 负责人：
      朱怀球
    • 依托单位：
      北京大学
    神经影像的时间信息提取及其在中枢药物疗效检测中的应用
    • 批准号：
      61131003
    • 项目类别：
      重点项目
    • 资助金额：
      280.0万元
    • 批准年份：
      2011
    • 负责人：
      朱怀球
    • 依托单位：
      北京大学
    国内基金
    海外基金