以原核基因翻译起始机制为主要研究对象，发展刻画翻译起始位点及相邻序列的统计模型、基于概率统计的数学模型，致力于发展原核生物（细菌和古细菌）比较基因组学的新方法和新工具，在全基因组水平、全部基因、部分基因（如横向转移基因、Essential基因）以及基因在基因组上的排列关系（如操纵子结构）和功能分类等几个层次进行原核生物基因组的比较研究，着重选取一批具有物种分类代表性的细菌和古细菌基因组进行详尽研究，同时大规模分析已完成全基因组测序和注释的全部物种。进一步研究原核基因翻译起始机制的物种特异性和进化动力学机制，探讨翻译起始机制在原核生物基因组演化过程中的作用。