腺嘌呤N6甲基化修饰辅助核小体定位及调控基因表达的研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31870808
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    59.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C0507.核酸生物化学
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2018
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2019-01-01 至2022-12-31

项目摘要

N6-methyladenine is the most prevalent and important DNA modification in prokaryotes. In eukaryotes, the functional studies were limited until 2015. Three independent groups depicted the 6mA atlas in green algae, fruit fly and worm, arousing the interests of researchers for revealing the biological significance of 6mA in more organisms. Recent studies indicated 6mA involved in gene regulation, suggesting its possible role as a new epigenetic mark besides 5mC. However, more evidences are required. In this proposal, we will study the relationship between 6mA and nucleosome, which in turn affect the transcription. Further, we will extend the mechanism to more general system, testing the hypothesis that 6mA regulates gene expression as an epigenetic mark.
腺嘌呤N6甲基化修饰(6mA)是细菌等原核生物中最普遍和重要的一种DNA修饰,而对于真核生物,由于检测手段所限,关于6mA生物学功能的研究一直都进展缓慢。直到2015年,三个研究组同时分别在衣藻、果蝇和线虫中鉴定出6mA全基因组分布图谱,才激发起更多研究者对6mA的研究热情。近两年最新研究成果也表明,6mA很可能作为5mC之外重要的表观遗传标记,在基因表达调控中发挥着重要功能。然而,目前对6mA作用机理的研究还非常有限,6mA能否成为继5mC之后最重要的DNA表观遗传标记也需要进一步的证据。本项目基于已有的发现和初步结果,拟从6mA本身的理化性质出发,研究6mA与核小体的互作,提出6mA辅助核小体定位的观点,并通过核小体体外组装实验验证这一观点的普遍性,探讨6mA在基因转录调控中的作用和机制。

结项摘要

近年来的研究发现,真核生物DNA上除了经典的5mC修饰外,还存在其它功能未知的修饰,如腺嘌呤N6甲基化修饰(6mA)。我们的前期结果表明,衣藻DNA上含有大量6mA修饰,并且分布特征与核小体有关。其它研究组也发现,6mA很可能作为5mC之外重要的表观遗传标记,在基因表达调控中发挥着重要功能。然而,目前对6mA作用机理的研究还非常有限,6mA能否成为继5mC之后最重要的DNA表观遗传标记也需要进一步的证据。本项目发展了新的高精准检测方法,全面绘制了多物种中6mA的全基因组分布,研究6mA与核小体的互作,提出6mA辅助核小体定位的观点,并通过核小体体外组装实验验证这一观点的普遍性,探讨6mA在基因转录调控中的作用和机制。另一方面,本项目发现哺乳动物中6mA含量极低,并且有可能是通过RNA上m6A修饰的碱基重利用而被错误整合到DNA中,因此呈现出一种随机散在的分布模式。这一发现提示,6mA在不同物种中功能可能有较大的分化,在进一步的研究中需要小心对待。

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Systematic calibration of epitranscriptomic maps using a synthetic modification-free RNA library
使用合成的无修饰 RNA 文库系统校准表观转录组图谱
  • DOI:
    10.1038/s41592-021-01280-7
  • 发表时间:
    2021-09
  • 期刊:
    Nature Methods
  • 影响因子:
    48
  • 作者:
    Zhang Zhang;Tao Chen;Hong-Xuan Chen;Ying-Yuan Xie;Li-Qian Chen;Yu-Li Zhao;Biao-Di Liu;Lingmei Jin;Wutong Zhang;Chang Liu;Dong-Zhao Ma;Guo-Shi Chai;Ying Zhang;Wen-Shuo Zhao;Wen Hui Ng;Jiekai Chen;Guifang Jia;Jianhua Yang;Guan-Zheng Luo
  • 通讯作者:
    Guan-Zheng Luo
Targeted genetic screening in bacteria with a Cas12k-guided transposase
使用 Cas12k 引导的转座酶对细菌进行靶向遗传筛选
  • DOI:
    10.1016/j.celrep.2021.109635
  • 发表时间:
    2021-08-31
  • 期刊:
    CELL REPORTS
  • 影响因子:
    8.8
  • 作者:
    Chen, Weizhong;Ren, Ze-Hui;Ji, Quanjiang
  • 通讯作者:
    Ji, Quanjiang
Single-base mapping of m6A by an antibody-independent method
通过不依赖抗体的方法进行 m6A 的单碱基定位
  • DOI:
    10.1126/sciadv.aax0250
  • 发表时间:
    2019-07-01
  • 期刊:
    SCIENCE ADVANCES
  • 影响因子:
    13.6
  • 作者:
    Zhang, Zhang;Chen, Li-Qian;Luo, Guan-Zheng
  • 通讯作者:
    Luo, Guan-Zheng
Mapping single-nucleotide m6A by m6A-REF-seq
通过 m6A-REF-seq 绘制单核苷酸 m6A
  • DOI:
    10.1016/j.ymeth.2021.06.013
  • 发表时间:
    2022-05-28
  • 期刊:
    METHODS
  • 影响因子:
    4.8
  • 作者:
    Chen, Hong-Xuan;Zhang, Zhang;Luo, Guan-Zheng
  • 通讯作者:
    Luo, Guan-Zheng

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RNA修饰精准表征技术及系统研究平台
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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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