基于生物质谱的黏多糖（mucin）类O-糖基化蛋白质分析新方法研究

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    31600665
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    13.0万
  • 负责人：
    曹纬倩
  • 依托单位：
    复旦大学
  • 学科分类：
    C2103.生命组学技术
  • 结题年份：
    2018
  • 批准年份：
    2016
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2017-01-01 至2018-12-31

项目摘要

Mucin-type O-glycosylation has important biological significance, and has been known to be associated with many physiology and pathological processes. However, the analysis of mucin-type O-glycosylated proteins presents a great challenge due to the complexity of glycosylation modification and the limitation of analytical method. Aiming at the lack of mucin-type O-glycoprotein enrichment method and the difficulties in mass spectrometry analysis, this study aims to develop a set of novel methods for mucin-type O-glycoproteome analysis based on the bio-mass spectrometry, including high specificity and efficient enrichment methods, high throughput and sensitive mass spectrometry identification techniques. The presented analytical methods will be applied in high-throughput analysis of serum and cells such as hepatocellular carcinoma cells, which have important theoretical significance and potential value for cancer biomarker identification.
黏多糖(mucin type)类O-糖基化修饰具有重要的生物学意义，已知与诸多生理、病理过程密切相关。然而，由于糖基化修饰的复杂性和分析方法的限制，黏多糖类O-糖基化蛋白质的分析存在极大的挑战。本项目拟在原有工作基础上，针对糖蛋白质组学中黏多糖类O-糖基化蛋白质富集手段缺乏，质谱鉴定、解析困难等问题，发展一整套以生物质谱为基础的黏多糖类O-糖基化蛋白质分析新方法，包括高特异性、高效率的黏多糖类O-糖蛋白富集材技术，高通量、高灵敏的质谱鉴定技术；将发展的新技术和新方法用于血清、以及包括肝癌细胞在内的不同种类的细胞中黏多糖类—O糖基化蛋白质组的高通量研究；以期为重要的黏多糖类O-糖蛋白的鉴定，以及大规模筛选疾病相关的潜在特异性黏多糖类O-糖基化蛋白生物标志物提供夯实的技术基础。

结项摘要

黏多糖(mucin type)类O-糖基化修饰具有重要的生物学意义，已知与诸多生理、病理过程密切相关。然而，由于糖基化修饰的复杂性和分析方法的限制，黏多糖类O-糖基化蛋白质的分析存在极大的挑战。本项目针对糖蛋白质组学中黏多糖类O-糖基化蛋白质富集手段缺乏，质谱鉴定、解析困难等问题，发展了以生物质谱为基础的糖基化蛋白质分析新方法，包括高特异性、高效率的糖蛋白富集材技术，高通量、高灵敏的质谱鉴定技术；并将发展的新技术和新方法用于O-糖基化的生物样本糖基化研究，建立了O-糖基化数据库和网站；为重要的黏多糖类O-糖蛋白的鉴定，以及大规模筛选疾病相关的潜在特异性黏多糖类O-糖基化蛋白生物标志物提供夯实的技术基础。

项目成果

期刊论文数量（3）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（3）
In Situ Synthesis of Magnetic Mesoporous Phenolic Resin for the Selective Enrichment of Glycopeptides
原位合成磁性介孔酚醛树脂选择性富集糖肽
  • DOI：
    10.1021/acs.analchem.8b00708
  • 发表时间：
    2018
  • 期刊：
    Analytical Chemistry
  • 影响因子：
    7.4
  • 作者：
    Zhang Quanqing;Huang Yuanyu;Jiang Biyun;Hu Yajun;Xie Juanjuan;Gao Xing;Jia Bin;Shen Huali;Zhang Weijia;Yang Pengyuan
  • 通讯作者：
    Yang Pengyuan
Locus-specific Retention Predictor (LsRP): A Peptide Retention Time Predictor Developed for Precision Proteomics.
位点特异性保留预测器 (LsRP)：专为精密蛋白质组学开发的肽保留时间预测器
  • DOI：
    10.1038/srep43959
  • 发表时间：
    2017-03-17
  • 期刊：
    Scientific reports
  • 影响因子：
    4.6
  • 作者：
    Lu W;Liu X;Liu S;Cao W;Zhang Y;Yang P
  • 通讯作者：
    Yang P
pGlyco 2.0 enables precision N-glycoproteomics with comprehensive quality control and one-step mass spectrometry for intact glycopeptide identification.
pGlyco 2.0 通过全面的质量控制和一步质谱法实现精确的 N-糖蛋白组学，以实现完整的糖肽鉴定
  • DOI：
    10.1038/s41467-017-00535-2
  • 发表时间：
    2017-09-05
  • 期刊：
    Nature communications
  • 影响因子：
    16.6
  • 作者：
    Liu MQ;Zeng WF;Fang P;Cao WQ;Liu C;Yan GQ;Zhang Y;Peng C;Wu JQ;Zhang XJ;Tu HJ;Chi H;Sun RX;Cao Y;Dong MQ;Jiang BY;Huang JM;Shen HL;Wong CCL;He SM;Yang PY
  • 通讯作者：
    Yang PY

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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