一种可与DNA-shuffling对接的宏基因组同源基因群钓取方法的构建
批准号:
30900253
项目类别:
青年科学基金项目
资助金额:
20.0 万元
负责人:
王秋岩
依托单位:
学科分类:
C0505.蛋白质、多肽与酶生物化学
结题年份:
2012
批准年份:
2009
项目状态:
已结题
项目参与者:
李海峰、叶莲芝、吴慧丽、裴晓林、杨兵、杜鹏飞、俞春娜
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中文摘要
在定向进化中,尽管采用体外同源基因重组即DNA改组技术(DNA-shuffling)的方法更容易获得进化蛋白,但是受已知同源基因数量的限制,该方法的应用受到极大限制。本项目拟采用RecA同源基因钓取方法,使用前期宏基因组内扩增得到的一定数量的脂肪酶核心片段,以这些片段为探针,从宏基因组中钓取同源基因全长,再以获得的同源基因全长为探针,循环钓取大量脂肪酶同源基因,后继进行DNA-shuffling,以脂肪酶对长链酯底物活力为模型,通过活力筛选进行体外蛋白进化,验证本方法提供的同源基因群,可以方便的用作为DNA-shuffling的原材料。本项目与同样基于重组原理的分子体外改造DNA-shuffling技术,可实现匹配的对接,达到高效进化蛋白的目的,促进DNA-shuffling方法的应用。同时,能够实现大量同源蛋白基因的便捷获取,拓展研究工作者对同源蛋白家族的探索空间。
英文摘要
在近一二十年内,宏基因组新酶筛选技术的出现,改变人们对微生物多样性的认识。使用该技术,人们不再局限于单个可培养微生物,而是能够对环境微生物总体基因组进行研究。通过本项目的实施,我们主要取得了以下三个方面的进展。首先:我们构建了一个宏基因组新酶筛选的新方法,该方法能够对接DNA-shuffling酶改造方法,可以制备分离出具备丰富功能多样性的新酶分子。使用该方法,我们获得了23条宏基因组新酯酶基因片段,片段长度为921 bp,片段间的碱基相同度介于64-99%。将这些同源基因片段进行DNA-shuffling后,我们制备了一个基因和功能多样性十分丰富的酶库。第二,我们再次改进了宏基因组PCR方法,构建了一种新的宏基因组多重引物PCR方法。使用该方法,我们从34种宏基因组DNA样本中,一次性获得了127条糖水解酶家族基因。序列分析表明,这些基因具备丰富的基因多样性,其碱基相同度介于26-99.7%。第三,在宏基因组新酶筛选中,我们还发现了一种具备应用价值的新酯酶,该酶能够在5-10 °C的条件下保持不低于50%的活力,并且能够耐受浓度高达50%的高log P有机溶剂。值得说明的是,在有机溶剂条件下,该酶的活力还能够提升2-3倍。并且,这个酯酶能够水解空间位阻很大的叔醇类底物。总的来说,通过本研究,我们获得了一个有潜在应用价值的新酯酶;揭示了宏基因组新酶筛选与定向进化DNA-shuffling联合应用,能够有效的获得功能多样性的新酶;证明了我们构建的新的宏基因组多重引物PCR方法,能够高效的用于获得宏基因组新酶。本项目结题前,共发表SCI文章3篇,包括The journal of biological chemistry IF~5.0,Bioresource Technology IF~4.0,Biotechnology letters IF~1.5。总影响因子超过10.0,较好的取得了预期研究结果。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Overexpression and characterization of a new organic solvent-tolerant esterase derived from soil metagenomic DNA
源自土壤宏基因组 DNA 的新型耐有机溶剂酯酶的过表达和表征
DOI:10.1016/j.biortech.2011.10.087
发表时间:2012-07-01
期刊:BIORESOURCE TECHNOLOGY
影响因子:11.4
作者:Jin, Peng;Pei, Xiaolin;Wang, Qiuyan
通讯作者:Wang, Qiuyan
DOI:10.1074/jbc.m110.139659
发表时间:2010-10
期刊:The Journal of Biological Chemistry
影响因子:--
作者:Qiuyan Wang;Huili Wu;Anming Wang;Pengfei Du;Xiaolin Pei;Haifeng Li;Xiaopu Yin;Lifeng Huang;Xiaolong Xiong
通讯作者:Qiuyan Wang;Huili Wu;Anming Wang;Pengfei Du;Xiaolin Pei;Haifeng Li;Xiaopu Yin;Lifeng Huang;Xiaolong Xiong
Retrieval of glycoside hydrolase family 9 cellulase genes from environmental DNA by metagenomic gene specific multi-primer PCR
通过宏基因组基因特异性多引物 PCR 从环境 DNA 中检索糖苷水解酶家族 9 纤维素酶基因
DOI:10.1007/s10529-012-0855-1
发表时间:2012-01
期刊:Biotechnology Letters
影响因子:2.7
作者:Xiong, Xiaolong;Yin, Xiaopu;Pei, Xiaolin;Jin, Peng;Zhang, Ao;Li, Yan;Gong, Weibo;Wang, Qiuyan
通讯作者:Wang, Qiuyan
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