肝脏炎癌恶性转化关键节点的动态网络标志物模型及临床应用研究
批准号:
91529303
项目类别:
重大研究计划
资助金额:
250.0 万元
负责人:
陈洛南
依托单位:
学科分类:
控制系统与应用
结题年份:
2018
批准年份:
2015
项目状态:
已结题
项目参与者:
王俊文、陈磊、曾涛、杨文、刘小平、张秀军、史倩倩、张万纬、李美仪
中文摘要
我国肝癌的发病常伴有“肝炎-肝硬化-肝癌”的慢性非可控性迁延不愈过程,患者出现临床症状时多已处于肝癌中晚期,错过了治疗的最佳时间。因此提高肝癌的早期诊断水平、寻找肝癌早期干预方案已经成为一个迫在眉睫的关键科学问题。本项目将由动力系统理论和生物实验相结合的系统生物学研究模式,以病理学明确的肝癌早期病变组织(高度不典型性增生结节)和慢性肝炎高危队列为主要切入点,建立肝炎向肝癌转化过程中临床样本的多层次组学大数据(如基因组、转录组等)整合模型,从系统的视角,研究非可控肝癌恶性转化过程中的调控网络,揭示恶性转化过程中活性调控网络的动态变化及疾病的分子机制,确定表征疾病进程的组织学和血清学动态网络标记物(DNB),识别肝炎恶性转化过程的关键节点和关键网络,建立癌症前兆的“前疾病状态”预测和诊断方法,并由临床样本或生物实验验证基于DNB的理论预测结果。
英文摘要
It is a nonlinear and dynamical process from hepatitis to liver cancer involving a malignant transformation at a network level. This project aims to develop a mathematical model to analyze such a malignant transformation from hepatitis to liver cancer based on both theoretical analysis and clinical data, and further establish a method for early prediction of liver cancer. Specifically, (a) derive gene regulatory networks of hepatitis to liver cancer by integrating multi-level omics data; (b) identify dynamical network biomarkers to characterize the critical transition from inflammation to cancer, based on the observed data and on various conditions; (3) develop a prediction model to identify the early signal of the critical transition of the inflammation to liver cancer, and further validate the theoretical results with clinic data or animal models.
该项目由动力系统理论和生物实验相结合的系统生物学研究模式,建立肝炎向肝癌转化过程中临床样本的多层次组学大数据整合模型,研究非可控肝癌恶性转化过程中的调控网络,揭示恶性转化过程中活性调控网络的动态变化及疾病的分子机制,确定表征疾病进程(或诊断疾病)的网络标记物(network biomarker)及预测疾病的动态网络标记物(DNB: dynamic network biomarker),识别肝炎恶性转化过程的关键节点和关键网络,建立癌症前兆的预测和诊断方法。特别是,与现行的分子标志物不同,我们建立了(a)疾病诊断的网络标志物及(b)疾病预测的动态网络标记物的理论和方法,实现了由网络诊断疾病,由网络预测疾病。
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The generation mechanism of spike-and-slow wave discharges appearing on thalamic relay nuclei.
丘脑中继核尖慢波放电的产生机制
DOI:
10.1038/s41598-018-23280-y
发表时间:
2018-03-21
期刊:
Scientific reports
影响因子:
4.6
作者:
[Hu B, Guo Y, Shi F, Zou X, Dong J, Pan L, Yu M, Zhou C, Cheng Z, Tang W, Sun H, Chen L]
通讯作者:
Chen L
Discovering a critical transition state from nonalcoholic hepatosteatosis to nonalcoholic steatohepatitis by lipidomics and dynamical network biomarkers
通过脂质组学和动态网络生物标志物发现从非酒精性肝脂肪变性到非酒精性脂肪性肝炎的关键过渡状态。
DOI:
10.1093/jmcb/mjw016
发表时间:
2016
期刊:
Journal of Molecular Cell Biology
影响因子:
5.5
作者:
[Sa Rina, Zhang Wanwei, Ge Jing, Wei Xinben, Zhou Yunhua, L, zberg David R., Wang Zhenzhen, Han Xianlin, Chen Luonan, Yin Huiyong]
通讯作者:
Yin Huiyong
Pattern fusion analysis by adaptive alignment of multiple heterogeneous omics data
通过多个异构组学数据的自适应对齐进行模式融合分析
DOI:
10.1093/bioinformatics/btx176
发表时间:
2017-09-01
期刊:
BIOINFORMATICS
影响因子:
5.8
作者:
[Shi, Qianqian, Zhang, Chuanchao, Chen, Luonan]
通讯作者:
Chen, Luonan
Differential function analysis: identifying structure and activation variations in dysregulated pathways
差异功能分析:识别失调途径的结构和激活变化
DOI:
10.1007/s11432-016-0030-6
发表时间:
2017
期刊:
Science China Information Sciences
影响因子:
--
作者:
[Zhang Chuanchao, Liu Juan, Shi Qianqian, Zeng Tao, Chen Luonan]
通讯作者:
Chen Luonan
DOI:
10.1038/aps.2017.5
发表时间:
2017
期刊:
Acta Pharmacologica Sinica
影响因子:
作者:
[Zhu Yan-jing, Zheng Bo, Wang Hong-yang, Chen Lei]
通讯作者:
Chen Lei
共 47 条
深度脉冲神经网络的混沌反向传播通用算法
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批准号:T2350003
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项目类别:专项基金项目
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资助金额:300万元
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批准年份:2023
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负责人:陈洛南
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依托单位:
肺癌“未病"的生物学基础与数学表征研究
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批准号:--
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项目类别:--
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资助金额:300万元
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批准年份:2023
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负责人:陈洛南
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依托单位:
肺癌未病"的生物学基础与数学表征研究
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批准号:T2341007
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项目类别:专项项目
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资助金额:300.00万元
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批准年份:2023
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负责人:陈洛南
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依托单位:
基于多模态数据的健康临界状态的数学刻画与预警理论
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批准号:12131020
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项目类别:重点项目
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资助金额:252万元
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批准年份:2021
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负责人:陈洛南
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依托单位:
数学生物学发展战略研究与学术交流
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批准号:--
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项目类别:专项基金项目
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资助金额:10万元
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批准年份:2020
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负责人:陈洛南
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依托单位:
2型糖尿病发生发展过程的临界状态预测理论和生物信息学方法
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批准号:31930022
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项目类别:重点项目
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资助金额:297.0万元
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批准年份:2019
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负责人:陈洛南
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依托单位:
基于单样本组学数据的生物分子网络构建理论和方法
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批准号:31771476
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项目类别:面上项目
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资助金额:60.0万元
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批准年份:2017
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负责人:陈洛南
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依托单位:
动脉粥样硬化发生发展过程中关键节点和调控网络的系统生物学研究
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批准号:91439103
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:170.0万元
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批准年份:2014
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负责人:陈洛南
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依托单位:
复杂疾病早期诊断和预测的数学问题
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批准号:11326035
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项目类别:数学天元基金项目
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资助金额:20.0万元
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批准年份:2013
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负责人:陈洛南
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依托单位:
2型糖尿病的生物分子网络动态行为与调控机理研究
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批准号:61134013
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项目类别:重点项目
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资助金额:290.0万元
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批准年份:2011
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负责人:陈洛南
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依托单位:
从肝炎到肝癌的恶性转化过程的动态调控网络的建模与预测方法
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批准号:91029301
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项目类别:重大研究计划
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资助金额:250.0万元
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批准年份:2010
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负责人:陈洛南
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依托单位:
重建时变结构的基因调控网络的模型和算法及在糖尿病研究中的应用
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批准号:61072149
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项目类别:面上项目
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资助金额:34.0万元
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批准年份:2010
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负责人:陈洛南
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依托单位:
国内基金
海外基金