剪接因子LUC7L通过调节可变剪接事件促进肾透明细胞癌发展进程的机制研究
批准号:
32100442
项目类别:
青年科学基金项目(C类)
资助金额:
30.0 万元
负责人:
张世超
依托单位:
学科分类:
基因表达及非编码序列调控
结题年份:
2024
批准年份:
2021
项目状态:
已结题
项目参与者:
张世超
中文摘要
肾透明细胞癌(ccRcc)是泌尿系统主要恶性肿瘤之一,寻找有效的预后指标和治疗靶点对其治疗具有重要意义。可变剪接是调控基因表达的重要机制,异常的RNA剪接与肿瘤的发生发展密切相关。我们前期研究发现,剪接因子LUC7L在ccRcc组织中过表达,与患者较差的预后相关,并且参与调控了ccRcc中一系列核心剪接事件。但LUC7L在ccRcc发展中的作用及调控可变剪接的分子机制,尚不清楚。本项目将明确LUC7L在ccRcc中的功能,并在基因组范围探索LUC7L的靶基因,揭示LUC7L介导的剪接事件在ccRcc中的作用途径,鉴定LUC7L在pre-mRNA中的结合基序,绘制LUC7L调控可变剪接的RNA图谱,寻找与LUC7L协同发挥作用的剪接因子并确定它们之间相互作用的结合区域,从而阐明LUC7L调控可变剪接影响ccRcc发展的机制,为ccRcc的诊断和治疗提供新的靶点。
英文摘要
Clear cell renal cell carcinoma (ccRcc) is one of the main malignant tumors of urinary system. It is of great significance to search for effective prognostic indicators and therapeutic targets for ccRcc. Alternative splicing is an important mechanism to regulate gene expression and increase proteome diversity. Aberrant alternative splicing events are closely related to the occurrence and development of tumors. Our previous study found that splicing factor LUC7L was overexpressed in ccRcc tissue and was associated with poor prognosis of patients. Further analysis shows that some core splicing events in ccRcc may be regulated by LUC7L. However, the role of LUC7L in the development of ccRcc and the molecular mechanism underlying alternative splicing regulation are still unclear. This project will clarify the function of LUC7L in ccRcc, search for the target genes of LUC7L in the genome scope, reveal the pathways of LUC7L-mediated aberrant splicing in ccRcc, identify the binding site of LUC7L in pre-mRNA, draw the RNA map of LUC7L regulated alternative splicing, and identify the splicing factors that work together with LUC7L. The aim of this study is to elucidate the mechanism by which LUC7L regulate alternative splicing facilitating the development of ccRcc, and to provide new targets for the diagnosis and treatment of ccRcc.
肾透明细胞癌是最常见的肾脏恶性肿瘤。虽然近年来在肾透明细胞癌的早期诊断、辅助治疗和新辅助治疗中有了一定的发展,但患者总体预后仍然很差。寻找有效的预后标志物和治疗靶点对肾透明细胞癌的治疗具有重要的临床意义。我们前期研究发现,剪接因子LUC7L在肾透明细胞癌组织中过表达,并与患者较差的预后相关。但LUC7L在肾透明细胞癌发展中的作用及调控可变剪接的分子机制,尚不清楚。本项目首先通过生物信息学分析发现,可变剪接是促进肾透明细胞癌进展的主要因素之一。与正常组织相比,肾透明细胞癌组织具有独特的剪接模式。我们通过WGCNA分析,鉴定出了1个由89个剪接因子组成的共表达簇,其中剪接因子LUC7L在调节肾透明细胞癌核心剪接事件中发挥着重要作用。功能实验表明,沉默LUC7L显著抑制了肾透明细胞癌细胞的增殖、克隆形成、迁移和侵袭能力,并促进了细胞凋亡。我们进一步通过分子对接、免疫荧光、免疫共沉淀和RNA-seq等实验发现,LUC7L可以通过与SNRNP70形成复合物协同发挥作用,从而调节一系列可变剪接事件,包括下游基因RAPGEF2。敲低LUC7L或SNRNP70可以显著抑制RAPGEF2基因外显子17的跳跃。缺乏外显子17形式的RAPGEF2(Δ17RAPGEF2)可以更好地促进Ras-GDP转化为Ras-GTP,并进一步激活MAPK信号通路。沉默LUC7L/SNRNP70都显著降低了MAPK信号通路活性。一种FDA批准的药物Probucol可能会与LUC7L结合,并作为肾透明细胞癌的潜在治疗药物。综上所述,本研究揭示了剪接因子LUC7L通过调节可变剪接促进肾透明细胞癌进展的分子机制,为以LUC7L为靶标的肾透明细胞癌干预策略提供了理论基础。
剪接因子SNRPA1通过调节R-loop稳态影响肺腺癌发展进程的机制研究
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批准号:32360143
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项目类别:地区科学基金项目
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资助金额:32万元
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批准年份:2023
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负责人:张世超
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依托单位:
非编码区SNP通过增强子远程调控GOLGA8B基因表达影响结肠癌进程的机制研究
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批准号:31960139
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项目类别:地区科学基金项目
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资助金额:39.0万元
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批准年份:2019
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负责人:张世超
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依托单位:
国内基金
海外基金