金属离子诱导蛋白质聚集的分子动力学模拟

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    10704033
  • 项目类别：
    青年科学基金项目
  • 资助金额：
    19.0万
  • 负责人：
    李文飞
  • 依托单位：
    南京大学
  • 学科分类：
    A2014.凝聚态物理新兴与交叉领域
  • 结题年份：
    2010
  • 批准年份：
    2007
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2008-01-01 至2010-12-31

项目摘要

建立描述金属离子与蛋白质相互作用的理论模型，结合最新的凝聚态统计物理构象采样技术，利用全原子分子动力学模拟金属离子诱导老年痴呆症等神经退行性疾病致病蛋白的聚集过程，从原子层次上认识金属离子诱导蛋白质聚集的详细分子机制与一般规律，进而从物理的角度揭示老年痴呆症等神经退行性疾病的致病机理，并为寻找治疗相关疾病的新突破口提供理论依据。内容包括：通过考虑电荷转移与质子化效应建立描述金属离子与蛋白质原子间配位相互作用的理论模型；通过大规模并行计算实现构象空间充分采样，构造金属离子诱导老年痴呆症致病蛋白Aβ单体构象转变自由能面，提取金属离子诱导蛋白质单体构象转变与错误折叠的具体机制；模拟金属离子诱导Aβ及其它神经退行性疾病致病蛋白的寡聚化过程及聚集物生长过程，理解金属离子与蛋白质相互作用诱导蛋白质聚集的详细机制及其对温度、pH值及盐浓度等外部因素的依赖性，并进一步寻找抑制金属离子病理性结合的有效途径。

结项摘要

项目成果

期刊论文数量（13）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
Frustration, specific sequence dependence, and nonlinearity in large-amplitude fluctuations of allosteric proteins
变构蛋白大幅波动中的挫败感、特定序列依赖性和非线性
  • DOI：
    10.1073/pnas.1018983108
  • 发表时间：
    2011-03-01
  • 期刊：
    PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
  • 影响因子：
    11.1
  • 作者：
    Li, Wenfei;Wolynes, Peter G.;Takada, Shoji
  • 通讯作者：
    Takada, Shoji
Effects of solvents on the intrinsic propensity of peptide backbone conformations
溶剂对肽骨架构象固有倾向的影响
  • DOI：
    10.1103/physreve.84.041933
  • 发表时间：
    2011-10-28
  • 期刊：
    PHYSICAL REVIEW E
  • 影响因子：
    2.4
  • 作者：
    Li, Wenfei;Qin, Meng;Wang, Wei
  • 通讯作者：
    Wang, Wei
Effects of zinc binding on the conformational distribution of the amyloid-beta peptide based on molecular dynamics simulations
基于分子动力学模拟的锌结合对淀粉样β肽构象分布的影响
  • DOI：
    --
  • 发表时间：
    --
  • 期刊：
    Journal of Physical Chemistry B
  • 影响因子：
    3.3
  • 作者：
    Su, Yu;Zhang, Jian;Wang, Jun;Qin, Meng;Wang, Wei;Li, Wenfei
  • 通讯作者：
    Li, Wenfei

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  • 发表时间：
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  • 发表时间：
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  • 影响因子：
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    李文飞;张建;王炜
  • 通讯作者：
    王炜

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课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
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