光合作用是生物圈最基础也是最重要的能量转化过程，它使光能转化为化学能，提供地球上大部分生命活动的能量。然而，光能不仅是光合作用的基本动力，同时也是一种重要的胁迫因素。由光诱导产生的光合效率下降，也称光抑制，普遍存在于有氧光合作用的生物中，如高等植物、真核藻类以及光合细菌等。蓝藻是最古老的进行光合作用的原核生物，因为它们的细胞结构简单，生长速度快，便于进行遗传操作，因此成为特别适合研究光合作用的模式生物之一。Synechococcus sp. PCC 7002是目前报道的生长速度最快的蓝藻，且能耐受极高的光强。因此本研究通过功能基因组学的工具和手段对Synechococcus 7002 强光适应的模式进行了深入的分析。.本研究首先利用二代测序技术对Synechococcus 7002在3个不同光照条件的6个RNA样品进行测序，得到了超过3400万条的高质量在基因组上特异匹配的非rRNA reads (81bp)，对Synechococcus 7002基因组的覆盖度高达130倍，几乎可以检测到Synechococcus 7002全部预测的基因。我们根据reads比对到基因组和基因上的信息，绘制了Synechococcus 7002全基因组水平的转录图谱。基于RNA-Seq数据，在全基因组范围内分析了其转录组的基本特征：确定了955个基因的5’UTR和493个基因的3’UTR区域；鉴定了操纵子结构和组成，以及1086个共表达的基因对，为探讨细菌转录组的协同调控提供了基础；分析了单个细胞内mRNA的绝对转录水平，发现在细菌包括蓝藻中，mRNA绝对转录水平连续分布可能是一种普遍的现象。.构建了基于不同光照条件的RNA-seq分链的测序文库，通过高通量测序，分析了Synechococcus 7002强光适应条件基因的差异表达，鉴定了526个（Fold-change≥ 2或 ≤ -2 且p-value≤0.05）差异表达的基因，其中高光条件下转录上调的有311个，转录下调的有215个。GO 功能分析和 KEGG 代谢途径分析表明编码藻胆体亚基以及PSI亚基的基因显著下调，与PSⅡ快速周转、CO2固定以及应对光损伤的保护机制相关的基因显著上调。在转录水平对Synechococcus 7002强光适应基因的表达调控模式进行探讨，结果表明细胞在强光条件下调整相关生命活动基因的转录水平以