中国人群乙型肝炎病毒基因组突变诱发原发性肝癌的机制研究

批准号:
31871322
项目类别:
面上项目
资助金额:
59.0 万元
负责人:
李健
依托单位:
学科分类:
C0609.生物大数据解析
结题年份:
2022
批准年份:
2018
项目状态:
已结题
项目参与者:
潘宁、王辉、赵林泓、张竞慧、宋词、戴倩、薛凯俞、顾霜霖、吕丽
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中文摘要
我国80%的原发性肝癌病人伴有乙肝病毒(HBV)感染。已有研究发现HBV病毒突变与肝癌发生高度相关,然而其致癌机制仍不明确。我们之前的研究与前期工作分析了上万例HBV病毒基因组突变序列的公共数据和数千例HBV病毒基因组的自身测序数据,确定了HBV病毒从慢性感染到肝癌发生的特征性热点突变,并且发现HBV病毒致癌机制具有中国人群的特异性。本项目拟采用基因组学,分子对接和分子动力学模拟等生物信息学方法系统地梳理中国人群HBV病毒导致肝癌发生的热点突变,着重从HBV病毒突变与宿主基因组共进化机制和HBV病毒突变导致免疫逃逸机制两个方面,来阐明其致癌机制,并使用实验手段验证关键突变。本项目拟构建公共数据库,将研究发现及建立的生物信息学工具与研究者共享。我们的研究将为HBV病毒相关肝癌的预防、早期诊断和治疗靶点选择,提供新的线索。
英文摘要
80% of our country's primary liver cancer patients with hepatitis B virus (HBV) infection. It has been found that HBV mutation is highly associated with the occurrence of liver cancer, but its carcinogenic mechanism remains unclear. Our previous research and preliminary work analyzed tens of thousands of public data on HBV virus mutations and our sequencing data for thousands of HBV virus genomes, identified characteristic hot-spot mutations in HBV viruses from chronic infection to liver cancer, and found the carcinogenic mechanism of HBV virus has the specificity of Chinese population. This project intends to use genomics and molecular docking and molecular dynamics bioinformatics methods to systematically sort out the hotspot mutations that cause HBV-induced liver cancer in Chinese populations, and to clarify the carcinogenic mechanism from the point of view of co-evolution of HBV mutations and host genomes and immune escape from HBV mutations. Experimental methods to verify key mutations. We shall to build up a public database to present the result of our research and bioinformatics tools for use by researchers. The project will provide new clues for the prevention, early diagnosis and treatment target selection of HBV-related liver cancer.
本项目通过生物信息学方法,获得了欧美人群和中国人群易感的乙型肝炎病毒(HBV)与肝癌发生相关的候选热点突变。进一步明确了这些热点突变的性质及突变前后抗原表位与人类白细胞抗原(HLA)分子之间的结合亲和力的影响,预测分析的数据与肽竞争性结合实验结果表现出良好的相关性,阐明了候选HBV突变导致免疫逃逸的机制,为进一步快速分析研究肝癌多肽疫苗奠定了基础。此外,本项目围绕HLA I类分子和HBV病毒收集和构建了不同维度的数据,开发了一个全面的HLA和HBV病毒的工具包和数据库,供研究者从结构层面阐释与HBV病毒与HLA疾病的致病机制,促进了干细胞治疗、器官移植和肿瘤新抗原领域的发展。本项目为深入分析HBV在中国人群中导致原发性肝癌的机制研究提供了新的线索和生物信息学工具及数据库。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
Computer-Based Immunoinformatic Analysis to Predict Candidate T-Cell Epitopes for SARS-CoV-2 Vaccine Design.
基于计算机的免疫信息学分析预测 SARS-CoV-2 疫苗设计的候选 T 细胞表位
DOI:10.3389/fimmu.2022.847617
发表时间:2022
期刊:FRONTIERS IN IMMUNOLOGY
影响因子:7.3
作者:Mei, Xueyin;Gu, Pan;Shen, Chuanlai;Lin, Xue;Li, Jian
通讯作者:Li, Jian
Exploring the Change of Host and Microorganism in Chronic Obstructive Pulmonary Disease Patients Based on Metagenomic and Metatranscriptomic Sequencing.
基于宏基因组和宏转录组测序探讨慢性阻塞性肺疾病患者宿主和微生物的变化
DOI:10.3389/fmicb.2022.818281
发表时间:2022
期刊:Frontiers in microbiology
影响因子:5.2
作者:Yang J;Zhang Q;Zhang J;Ouyang Y;Sun Z;Liu X;Qaio F;Xu LQ;Niu Y;Li J
通讯作者:Li J
DOI:--
发表时间:2020
期刊:教育教学论坛
影响因子:--
作者:林雪;李健
通讯作者:李健
LDMD: A database of microbes in human lung disease.
LDMD:人类肺部疾病微生物数据库
DOI:10.3389/fmicb.2022.1085079
发表时间:2022
期刊:FRONTIERS IN MICROBIOLOGY
影响因子:5.2
作者:Xu, Li-Qun;Yang, Jing;Liang, Weicheng;Chen, Jiang;Sun, Zepeng;Zhang, Qiang;Liu, Xinlong;Qiao, Feng;Li, Jian
通讯作者:Li, Jian
Screening and Identification of HBV Epitopes Restricted by Multiple Prevalent HLA-A Allotypes.
多种流行 HLA-A 同种异型限制的 HBV 表位的筛选和鉴定
DOI:10.3389/fimmu.2022.847105
发表时间:2022
期刊:FRONTIERS IN IMMUNOLOGY
影响因子:7.3
作者:Ding, Yan;Zhou, Zining;Li, Xingyu;Zhao, Chen;Jin, Xiaoxiao;Liu, Xiaotao;Wu, Yandan;Mei, Xueyin;Li, Jian;Qiu, Jie;Shen, Chuanlai
通讯作者:Shen, Chuanlai
基于中国人群HLA结构特征使用器官芯片技术研究乙型肝炎病毒DNA整合事件导致细胞癌变及其免疫反应的机制
- 批准号:--
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:54万元
- 批准年份:2022
- 负责人:李健
- 依托单位:
变水分气固两相流动参数电容与微波融合测量方法研究
- 批准号:52006036
- 项目类别:青年科学基金项目
- 资助金额:24.0万元
- 批准年份:2020
- 负责人:李健
- 依托单位:
国内基金
海外基金
