课题基金 / 基金详情

高通量DNA测序片段的拼接

批准号：
30871393
项目类别：
面上项目
资助金额：
35.0 万元
负责人：
陆祖宏
依托单位：
东南大学
学科分类：
生物数据资源与分析方法
结题年份：
2011
批准年份：
2008
项目状态：
已结题
项目参与者：
江澎、杨彬、王文凯、桑飞、王薇、周庆、涂景、童婧
关键词：
序列拼接序列比对DNA测序技术readsshortpairmate

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中文摘要
伴随新一代高通量低成本测序技术的发展，其生成的超大通量短测序片段拼接技术成为目前测序生物信息学研究的最前沿热点问题。在本申请书中，我们首次提出了基于色域空间（color space）编码技术的超大通量短序列拼接技术思路和技术平台建设。在传统的序列拼接算法基础上，提出了基于高覆盖率测序结果的质量优先无错拼接的算法构想，并完成了初步的准备工作。针对新一代测序平台提供的mate pair信息，我们首次提出了利用mate pair信息校正和提高拼接质量的算法构想。同时，考虑到多种测序技术的联合应用问题，研发一套统一格式的测序数据联合分析系统，以解决不同测序技术平台产生数据格式相互无法移植交流的问题。为解决传统拼接比对算法对高性能计算硬件的依赖，我们提出了基于FPGA定制算法硬件加速模块的构想，可以在节约硬件投资的前提下提高计算效率数百倍。
英文摘要
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专著列表
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专利列表
Global Egr1-miRNAs Binding Analysis in PMA-Induced K562 Cells Using ChIP-Seq
使用 ChIP-Seq 对 PMA 诱导的 K562 细胞中的全局 Egr1-miRNA 结合进行分析
DOI： 10.1155/2010/867517
发表时间： 2010-08
期刊： Journal of Biomedicine and Biotechnology
影响因子： --
作者： [Wang, Wei, Tu, Jing, Shi, Xiaolong, Lu, Zuhong, Tang, Chao, Ge, Qinyu, Xie, Xueying, Zhou, Dequang]
通讯作者： Zhou, Dequang
High-throughput sequencing of microRNAs in adenovirus type 3 infected human laryngeal epithelial cells.
3 型腺病毒感染的人喉上皮细胞中 MicroRNA 的高通量测序
DOI： 10.1155/2010/915980
发表时间： 2010
期刊： Journal of biomedicine & biotechnology
影响因子： --
作者： [Qi Y, Tu J, Cui L, Guo X, Shi Z, Li S, Shi W, Shan Y, Ge Y, Shan J, Wang H, Lu Z]
通讯作者： Lu Z
Analysis of CpG island methylation using rolling Circle amplification (RCA) product microarray.
DOI： 10.1166/jbn.2011.1287
发表时间： 2011-04
期刊： Journal of biomedical nanotechnology
影响因子： 2.9
作者： [Hong Zhao;Xiaodong Ma;Minli Li;Dongrui Zhou;Pengfeng Xiao;Zuhong Lu]
通讯作者： Hong Zhao;Xiaodong Ma;Minli Li;Dongrui Zhou;Pengfeng Xiao;Zuhong Lu
Global analysis of in vivo EGR1‐binding sites in erythroleukemia cell using chromatin immunoprecipitation and massively parallel sequencing
DOI： 10.1002/elps.201000094
发表时间： 2010-09
期刊： ELECTROPHORESIS
影响因子： 2.9
作者： [Chao Tang;Xiaolong Shi;Wei Wang;Dequan Zhou;Jing Tu;Xueying Xie;Qinyu Ge;P. Xiao;Xiao Sun;Zuhong Lu]
通讯作者： Chao Tang;Xiaolong Shi;Wei Wang;Dequan Zhou;Jing Tu;Xueying Xie;Qinyu Ge;P. Xiao;Xiao Sun;Zuhong Lu
共 25 条
    DNA与蛋白质作用的全基因组分析
    • 批准号：
      30973375
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      33.0万元
    • 批准年份：
      2009
    • 负责人：
      陆祖宏
    • 依托单位：
      东南大学
    孤独障碍的脑白质结构及其相关遗传标志的高通量筛选
    • 批准号：
      30570655
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      26.0万元
    • 批准年份：
      2005
    • 负责人：
      陆祖宏
    • 依托单位：
      东南大学
    肿瘤相关基因甲基化的高通量和定量化检测
    • 批准号：
      30371606
    • 项目类别：
      面上项目
    • 资助金额：
      24.0万元
    • 批准年份：
      2003
    • 负责人：
      陆祖宏
    • 依托单位：
      东南大学
    空气病毒快速富集和在线高灵敏度检测仪
    • 批准号：
      20345001
    • 项目类别：
      专项基金项目
    • 资助金额：
      30.0万元
    • 批准年份：
      2003
    • 负责人：
      陆祖宏
    • 依托单位：
      东南大学
    国内基金
    海外基金