TERT-CLPTM1L基因区域多态性已被报道与多种肿瘤的发生风险相关。该区域存在两个已知的基因，端粒酶反转录酶TERT和唇腭裂跨膜1样蛋白CLPTM1L基因。本研究探讨了这一基因区域多态性与鼻咽癌遗传易感性的关系。.本研究在TERT-CLPTM1L基因区域共确定了26个htSNPs。在广西鼻咽癌病例对照人群中分型成功25个位点，统计分析去除分布不符合哈迪-温伯格平衡准则的位点和最小等位频率（MAF）小于0.01的位点3个。以多因素logistic回归方法分析，在校正年龄、性别、吸烟、吸烟量、饮酒、家族史后，经过SNPSpD多重检验校正，在加性遗传模式和共显性遗传模式下共有4个SNPs（rs2736098、rs2735845、rs402710和rs401681）与鼻咽癌的发生风险相关。对这4个SNPs在广东鼻咽癌病例对照人群中进行了验证，发现rs2735845和rs401681仍然与鼻咽癌的发生风险显著相关（广西广东联合人群中rs2735845，OR = 1.23，P = 4.6E-5；rs401681，OR = 0.81，P = 1.0E-4）。在脐带来源的间充质干细胞中，与CC基因型相比，rs2735845 G等位携带者的CLPTM1L mRNA水平显著增加（P = 0.02）；与CC基因型相比，rs401681 TT基因型与短的端粒长度显著相关（P = 0.002）。免疫组化实验显示，TERT、CLPTM1L在鼻咽癌组织中表达均高于非癌鼻咽部组织。.TERT功能性串联重复MNS16A的S等位型是鼻咽癌发生风险的保护等位型（OR = 0.86，P = 0.014），且在分化差的鳞状细胞癌组中其保护作用更显著。携带S等位的鼻咽癌患者年龄较LL基因型鼻咽癌患者年龄大。免疫组化实验显示S等位型的TERT蛋白的表达显著低于LL基因型（P = 0.035）。.本研究首次鉴定出了与鼻咽癌遗传易感性关联的TERT-CLPTM1L基因区域中的两个SNP位点（rs2735845和rs401681）和一个串联重复多态性位点（MSN16A）。本研究为鼻咽癌的遗传易感性提供了新的遗传标记，有助于鼻咽癌发病机理的进一步研究和鼻咽癌的早期预防、诊断和个体化治疗。