高通量DNA测序技术的成熟和广泛应用让基因组从头测序变得容易且价格低廉。但是，对于绝大部分正在或计划进行从头测序的物种而言，由于缺乏高质量的物理或遗传图谱，即使有高通量测序技术，也很难通过现有基因组拼装技术获得媲美传统模式生物的染色体级别的基因组图谱。事实上，传统的费时费力费钱的遗传图谱构建技术已经成为新物种高质量基因组图谱构建的瓶颈。中国白氏文昌鱼的基因组具有高度杂合性（3-8%），因此理论上一代杂交即可获得足够信息用于构建覆盖全基因组的连锁图谱。本项目将利用我们前期工作获得的白氏文昌鱼基因组草图，尝试筛选一批覆盖全基因组且适于（高通量）测序分析的独特的分子标记，对来自同一父母本的子一代文昌鱼群体多态性进行分析和构造相应的连锁图谱，并在此基础上将原基因组草图升级为染色体级别的完成图。本项目成果将直接应用于文昌鱼的比较基因组学和遗传学研究，且将推广应用到更多物种的基因组测序中去。