杨属物种的亲缘关系及其关键类群的杂交起源研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31470665
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    95.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C1610.林木遗传育种
  • 结题年份:
    2018
  • 批准年份:
    2014
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2015-01-01 至2018-12-31

项目摘要

For the taxa comprising many hybrid-origin species, the only way to reconstruct the evolutionary history is to carry out the research of phylogeny with hybrid origin inference of some key species simultaneously. In the present study, we will reconstruct a phylogeny of the genus Populus based on nucleotide sequences of the chloroplast DNA(maternal inheritance) and the nuclear DNA(biparental inheritance) using almost all the species representing the six sections in this genus and 2-5 species from Salix were chosen as outgroups. Phylogenetic relationships among the six sections and species within the sections would be studied. In the previous research, the incongruence between the topology structure of the phylogenetic trees constructed based on the chloroplast DNA and nuclear DNA or the node with low support value in phylogenetic tree constructed using sufficient biparental sequences was often derived from hybrid events. In this study, the hybrid origin of key species in Populus such as P. tomentosa will be studied along with the phylogeny of this genus. Divergence time of Populus and Salix and key node within the phylogenetic tree will also be estimated combined with fossil records.
对于杂交频发的类群,系统发育研究和杂交物种形成研究同时开展是正确重建其进化历史的唯一途径。本研究同时使用母系遗传的叶绿体片段和双亲遗传的核基因片段,选取覆盖杨属六大派的几乎所有物种和2-5个柳属物种作为外类群,重建杨属系统发育,理清杨属六大派之间和派内部物种间的系统发育关系。纵观前人研究发现,在母系遗传和双亲遗传所构建的系统发育树会存在不一致或者在使用充足的双亲遗传标记依然不能获得较高的分辨率的分支处,往往是杂交事件发生的位置。本研究在重建杨属系统发育的过程中,同时开展关键类群的杂交物种形成的验证性研究。结合化石资料,本研究将对杨属和柳属的分化时间,以及杨属内部重要的分化节点的发生时间进行推断。

结项摘要

尽管前人对杨属物种系统发育和杂种起源做了大量艰辛的工作,但是由于样品收集、遗传标记选取以及方法学等方面的不足,杨属的系统发育研究依然存在许多问题。首先,杨属的系统发育还没有被完整的构建。其次,许多长期受争议的关键派系和重要物种的起源依然没有被解决。本研究主要使用我们自行开发的24个单拷贝核基因DNA片段和34个叶绿体DNA片段,使用杨属、柳属及广义杨柳科其他物种,共计35个物种,构建了杨属系统发育树;对比叶绿体和核基因系统发育树,提出多个物种存在杂交起源的可能性;对毛白杨和河北杨杂交起源进行了深入研究,发现毛白杨分为两类,第一类杂交事件分别涉及到银白杨父本和响叶杨(母本)、第二类杂交事件涉及到银白杨、响叶杨和中国山杨(母本);而河北杨杂交事件,是银白杨作为父本和中国山杨作为母本实现的。对美洲山杨、中国山杨和欧洲山杨的系统关系及分化时间进行推断,发现他们属于典型的隔离物种形成模式,白令陆桥消失和青藏高原隆起对他们物种形成起到了重要作用。

项目成果

期刊论文数量(7)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Phylogeny of Populus-Salix (Salicaceae) and their relative genera using molecular datasets
使用分子数据集进行杨柳(杨柳科)及其相关属的系统发育
  • DOI:
    10.1016/j.bse.2016.07.016
  • 发表时间:
    2016-10-01
  • 期刊:
    BIOCHEMICAL SYSTEMATICS AND ECOLOGY
  • 影响因子:
    1.6
  • 作者:
    Liu, Xia;Wang, Zhaoshan;Zhang, Jianguo
  • 通讯作者:
    Zhang, Jianguo
The complete chloroplast genome sequence of Homalium cochinchinense (Salicaceae)
Homalium cochinchinense(杨柳科)的完整叶绿体基因组序列
  • DOI:
    10.1080/23802359.2018.1561235
  • 发表时间:
    2019-01-02
  • 期刊:
    MITOCHONDRIAL DNA PART B-RESOURCES
  • 影响因子:
    0.5
  • 作者:
    Liu, Shuyu;Tian, Yang;Wang, Zhaoshan
  • 通讯作者:
    Wang, Zhaoshan
中国山杨遗传多样性及遗传结构分析
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
    植物科学学报
  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    杜淑辉;王兆山;胡晓艳;张建国
  • 通讯作者:
    张建国
Phylogeny of section Leuce (Populus, Salicaceae) inferred from 34 chloroplast DNA fragments
从 34 个叶绿体 DNA 片段推断出白杨科(杨属、杨柳科)的系统发育
  • DOI:
    10.1016/j.bse.2015.09.020
  • 发表时间:
    2015-12
  • 期刊:
    Biochemical Systematics and Ecology
  • 影响因子:
    1.6
  • 作者:
    Dongsheng Wang;Zhaoshan Wang;Shuhui Du;Jianguo Zhang
  • 通讯作者:
    Jianguo Zhang
Phylogenetic and Taxonomic Status Analyses of the Abaso section in Populus from Multiple Nuclear Genes and Plastid Fragments reveal new insights into the North America origin of Populus
从多个核基因和质体片段对杨树中阿巴索部分的系统发育和分类学状态分析揭示了对杨树北美起源的新见解
  • DOI:
    --
  • 发表时间:
    2016
  • 期刊:
    Frontiers in Plant Science
  • 影响因子:
    5.6
  • 作者:
    Liu Xia;Wang Zhaoshan;Shao Wenhao;Ye Zhanyang;Zhang Jianguo
  • 通讯作者:
    Zhang Jianguo

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  • 期刊:
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  • 影响因子:
    --
  • 作者:
    张扬;姚文成;卢立志;王兆山;王维;徐琪;常国斌;陈国宏
  • 通讯作者:
    陈国宏

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杨属白杨派关键物种的基因组适应性进化研究
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    2017
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  • 项目类别:
    面上项目

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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