基于Medip-seq 和MRE-seq数据的甲基化水平的估计及差异性检验

批准号:
11526143
项目类别:
数学天元基金项目
资助金额:
3.0 万元
负责人:
周彦
依托单位:
学科分类:
A0402.统计推断与统计计算
结题年份:
2016
批准年份:
2015
项目状态:
已结题
项目参与者:
樊永斌、孙自朋
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中文摘要
新一代测序技术比基因芯片技术更高通量和更精确, 而且也能够应用到相应的生物领域, 如DNA测序技术(ChIP-seq), RNA 测序技术(RNA-seq) 和甲基化测序技术(MeDIP-seq)。 由于新数据与基因芯片数据有本质的区别,包括样本量少但数据量大和信号是离散的等特点. 因此原有的统计方法不再适用于新数据和需要提出新的统计方法来解决新的问题。本项目将研究:(1) 基于Medip-seq 和MRE-seq互补数据,本项目研究不同条件下重复样本的甲基化水平的差异性比较。(2)针对Medip-seq数据的甲基化水平的估计和变点的问题,本项目研究建立新的理论模型来推导甲基化水平,并且提出寻找甲基化水平的变化位置的检验统计量。本项目也将研究新提出方法的理论性质,包括估计的大样本性质,检验的收敛性等。
英文摘要
The next-generation sequencing technology is higher throughput and more accurate than gene chip technology. The next-generation sequencing technology also applied to the corresponding field of biology, such as DNA sequencing (ChIP-seq), RNA sequencing (RNA-seq) and methylated sequencing (MeDIP-seq). The new data are essentially different with gene chip data, including small sample size and large amount of a sample and data signals are discrete. Therefore, the old statistic methods can't apply to the new data and we need develop new statistic methods to solve the coming up problems. The project will study: (1) Based on Medip-seq and MRE-seq complementary data, the project study the difference of methylation level under the multi-Samples of different conditions. (2) Aim at the estimation and change point of the methylation level of Medip-seq, the project trying to build a novel model to deduce the methylation level of CpG, and to develop a test statistic to detect the change point of the methylation level. The project will consider the theoretical character of the methods.
新一代测序技术比基因芯片技术具有更高通量和更精确。 而且也能够应用到相应的生物领域, 如DNA测序技术(ChIP-seq), RNA 测序技术(RNA-seq) 和甲基化测序技术(MeDIP-seq)。 由于新数据与基因芯片数据有本质的区别,包括样本量少但数据量大和信号是离散的等特点. 因此原有的统计方法不再适用于新数据和需要提出新的统计方法来解决新的问题。本项目主要研究围绕新一代测序技术产生的测序序列数据在生物信息或其他应用中的统计问题。 对多样本检验的问题进行研究,发现对新一代测序数据的标准化在检验过程中极其重要,怎么利用统计方法标准化测序深度到同一水平从而能够比较表达水平是对于不同样本之间的比较至关重要。 我们提出对新一代测序数据的一种基于检验的标准化方法来消除系统偏差,和进行差异性检验。并且从模拟和实际数据分析都表明了新提出方法的优越性。然后,研究了对甲基化水平变化的位置的推导,抽象出来就是变点理论中的变化位置的检验。利用经验似然和似然比方法提出了两个非参数方法来寻找甲基化水平变化的位点。模拟和实际数据都得到了较好的结果。相关研究在生物遗传研究、疾病治疗等方面具有潜在的应用背景。本项目研究历时一年,在国际SCI期刊上发表相关学术论文三篇。
期刊论文列表
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A Hypothesis Testing Based Method for Normalization and Differential Expression Analysis of RNA-Seq Data.
基于假设检验的 RNA-Seq 数据归一化和差异表达分析方法
DOI:10.1371/journal.pone.0169594
发表时间:2017
期刊:PloS one
影响因子:3.7
作者:Zhou Y;Wang G;Zhang J;Li H
通讯作者:Li H
DOI:10.1371/journal.pone.0163557
发表时间:2016
期刊:PloS one
影响因子:3.7
作者:Zhou Y;Fu L;Zhang J;Hui Y
通讯作者:Hui Y
DOI:10.1080/03610926.2015.1048891
发表时间:2017-03
期刊:Communications in Statistics - Theory and Methods
影响因子:--
作者:周彦;付利亚;张宝学
通讯作者:张宝学
基于单细胞Hi-C数据的标准化,分类及荟萃分析
- 批准号:--
- 项目类别:省市级项目
- 资助金额:15.0万元
- 批准年份:2024
- 负责人:周彦
- 依托单位:
基于深度学习对单细胞测序数据的统计分析
- 批准号:n/a
- 项目类别:省市级项目
- 资助金额:10.0万元
- 批准年份:2023
- 负责人:周彦
- 依托单位:
基于单细胞测序的超高维数据的统计方法研究
- 批准号:--
- 项目类别:面上项目
- 资助金额:52万元
- 批准年份:2020
- 负责人:周彦
- 依托单位:
基于新一代测序数据的标准化,FDR控制及分类问题的统计方法研究
- 批准号:11701385
- 项目类别:青年科学基金项目
- 资助金额:24.0万元
- 批准年份:2017
- 负责人:周彦
- 依托单位:
国内基金
海外基金
