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MLE转座子和PIF类转座子在竹亚科植物基因组的分布、进化和功能分析
结题报告
批准号:
31170623
项目类别:
面上项目
资助金额:
66.0 万元
负责人:
汤定钦
依托单位:
学科分类:
C1610.林木遗传育种
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
周明兵、徐川梅、余学军、林源、周敏、王月圆
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中文摘要
转座子是动植物基因组的重要组成部分,在研究基因组进化和开发基因标签发挥着重要作用。mariner-like elements (MLE)和P instability factor (PIF)类转座子在植物基因组中广泛分布,是转座子标签开发中最具前景的元件之一。本项目在原有工作基础上,检测这两类转座子在竹类植物基因组含量及在染色体分布的偏好性,探讨转座子在长期进化过程对其基因组影响;应用染色体步行法等技术分离具有完整MLE和PIF类转座子,通过酵母表达体系鉴定筛选具转座功能的转座子;研究这两类转座子在毛竹等发育过程及其变异类型间转座插入位点的多态性、调控基因网络,揭示转座子在竹子生长发育过程中的作用。竹子转座子的研究,为禾本科比较基因组学研究增添新的基础数据,探索竹子形态易变、多变的分子机制,为竹子分类提供理论依据,开发的基因标签等工具,可解决竹子育种中的诸多难题,促进禾本科植物的育种进程。
英文摘要
转座子是动植物基因组的重要组成部分,在研究基因组进化和开发基因标签发挥着重要作用。Mariner-like elements (MLE)和 P instability factor (PIF)类转座子在植物基因组中广泛分布, 是转座子标签开发中最具前景的元件之一。本项目在研究竹子基因组大小与其进化关系的基础上,应用染色体步行法等技术从毛竹基因组中分离具有结构完整的1个PIF和2个MLE类转座子,结构分析表明位于PhPIF-1转座酶区域的2个移码突变,其中一个位于保守区域BlockN3处,推测该PIF类转座子不具有转座活性。2个MLE类转座子(Phmar1和Phmar2)具有完整的催化结构域和DNA结合结构域,用HELIX-TURN-HELIX MOTIF PREDICTION 软件清楚地预测到在N端有个螺旋-拐角-螺旋,在C端有个典型的DD39D结构域,表明Phmar1和Phmar2可能是一个潜在活性转座子;经酵母表达体系鉴定Phmar1和及其非自主转座子Phmar1NA具有异源转座活性,并且具有转座偏向于插入富含 TA的位点、插入位点上下游皆有基因存在且多数与插入位点的距离在2000 bp 之内等特点;通过对 Phmar1TPase 的定点(6个位点)突变可提高Phmar1NA 和 Phmar1的转座活性,最高可达10倍以上。SSAP技术发现MLE转座子在毛竹变种和栽培种基因组中的插入位点具有丰富的多态性,暗示该转座子在毛竹品种演化和分化过程参与了调控。竹子转座子的研究,为 动植物的比较基因组学研究增添新的基础数据;探索竹子形态易变、多变的分子机制,为竹子分类提供理论依据;高活性转座子开发的基因标签等工具可解决竹子育种中的诸多技术难题,促进禾本科植物的育种进程。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:10.4238/2011.december.6.3
发表时间:2011-12
期刊:Genetics and molecular research : GMR
影响因子:--
作者:Mingbing Zhou;X. M. Liu;D. Tang
通讯作者:Mingbing Zhou;X. M. Liu;D. Tang
DOI:--
发表时间:2014
期刊:生物工程学报
影响因子:--
作者:周倩倩;周明兵
通讯作者:周明兵
PpPIF-1: first isolated full-length PIF-like element from the bamboo Phyllostachys pubescens.
PpPIF-1:第一个从竹毛竹中分离出全长 PIF 样元件。
DOI:10.4238/2012.april.3.3
发表时间:2012
期刊:Genetics and molecular research : GMR
影响因子:--
作者:Mingbing Zhou;X. M. Liu;D. Tang
通讯作者:D. Tang
DOI:10.1186/2193-1801-3-486
发表时间:2014
期刊:SpringerPlus
影响因子:--
作者:Lin Y;Lu JJ;Wu MD;Zhou MB;Fang W;Ide Y;Tang DQ
通讯作者:Tang DQ
Ppmar1 and Ppmar2: the first two complete and intact full-length mariner-like elements isolated in Phyllostachys edulis
Ppmar1 和 Ppmar2:从毛竹中分离出的前两个完整且完整的全长水手状元件
DOI:10.1080/12538078.2014.999117
发表时间:2015-03
期刊:Acta Botanica Gallica: Botany Letters
影响因子:--
作者:Ming-Bing Zhou;Hao Zhong;Jiao-Li Hu;Ding-Qin Tang
通讯作者:Ding-Qin Tang
竹类植物mariner-like功能转座子的开发与转座特性的研究
  • 批准号:
    30771753
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    30.0万元
  • 批准年份:
    2007
  • 负责人:
    汤定钦
  • 依托单位:
小佛肚竹秆形调控的分子机理
  • 批准号:
    30371181
  • 项目类别:
    面上项目
  • 资助金额:
    18.0万元
  • 批准年份:
    2003
  • 负责人:
    汤定钦
  • 依托单位:
国内基金
海外基金