忍冬栽培历史悠久，种质资源丰富。在盛花期和非盛花期，依据植株形态差异，结合药农生产经验，对金银花主产区的种质进行了调查、收集与初步鉴定，收集了种质50余份，分别进行了形态标记与迁地种植，在山东建立了种质资源圃；基本查清了全国金银花各主产区的主流种质。50余份忍冬种质可分为野花系列、毛花系列和鸡爪花系列三个品系，20个栽培类型。.利用形态学观察方法，对忍冬传统种质的花蕾、叶片、枝条、苞片等进行了系统地观察比较，结果发现：不同种质忍冬花蕾在形态、颜色、大小，外表面非腺毛密度和长度，腺毛密度和腺柄细胞数；叶片的长度、宽度以及长宽比，非腺毛的密度、长度；枝条的长度、平均着花节间长、苞片长度、苞片长宽比、花蕾重量等形态特征存在一定差异；花蕾和叶片的性状特征、枝条、着花节数、苞片花粉等指标可用于种质间的划分。.应用AFLP分子标记方法，选用6对引物组合对13个传统忍冬种质进行了分析，共获得435条扩增带，其中191条具有多态性，平均多态检出率为43.9％。利用DPS V3.01软件计算各品种的遗传距离，按UPGMA法进行聚类分析，聚类结果表明，同一道地产区的栽培品种亲缘关系较近，山东种质基于AFLP标记的分类结果与形态特征基本一致。.应用ISSR分子标记分别对鸡爪花品系和毛花品系的忍冬种质进行了分析，筛选得到15条多态性引物，鸡爪花品系共扩增出309条带，多态性条带240条，多态性比率为77.67%，毛花品系共扩增出307条带，多态性条带217个，多态位点百分率为70.68%。非加权平均法(UPGMA)聚类分析，2个品系的忍冬种质均可按地域性分为山东与河南新密两大类，同一道地产区种质的亲缘关系较近，形态差异不大亲缘关系较近小鸡爪与红鸡爪可以作为一个栽培品种进一步复壮、推广。.对不同种质来源的药材金银花、忍冬藤、金银花叶等的质量进行了分析，包括浸出物、总酚酸、总黄酮、有效成分绿原酸、木犀草苷等的含量测定和比较，发现金银花叶是值得开发的资源；构建了HPLC指纹图谱，并且以13个共有峰的峰面积为变量，进行了聚类分析，分析结果与ISSR-DNA聚类分析结果基本一致。综合研究结果，筛选出适宜山东推广的优良品种。项目研究结果为金银花药材质量的综合评价、忍冬种质分类及它们之间亲缘关系的探讨，优良品种的筛选、栽培品种的确定和资源的合理利用提供了理论依据。