DNA条形码已经应用于双翅目多个类群的种类鉴定和系统发育分析，但国内关于摇蚊科DNA条形码的研究鲜有报道。本研究开展了中印区哈摇蚊属群COI基因DNA条形码和属间分子系统发育分析的研究。分析了哈摇蚊属群892个样本长度为658bp的COI序列，得到如下初步结论： COI氨基酸序列可以用来作为摇蚊科昆虫种级鉴定的分子标记。序列特征分析结果显示COI基因A+T含量（67%）明显高于C+G含量（33%），表现出明显的碱基偏倚性，这与大多数昆虫线粒体DNA基因具有明显的一致性。表达产生的氨基酸在组成上苯丙氨酸（F）使用量最高，其次是异亮氨酸（I），再次是亮氨酸(L)，表达产生的氨基酸在组成上有一定的偏向性。针对形态变异较大的软铗小摇蚊（Microchironomus tener)开展了种内遗传距离分析，结果表明虽然软铗小摇蚊在体色及肛尖等结构上种间差异较大，但从分子水平上分析该种的遗传距离都在2%以内，属于种内范畴（3%）。针对形态学鉴定较困难的隐摇蚊属（Cryptochironomus）雄成虫开展了种间和种内遗传距离分析，结果表明最大种间遗传距离为15.6%，最小种间遗传距离为4.9%，最小种内遗传距离为0.07%，最大种内遗传距离为1.85%，分子标记COI能很好的区分形态学相近种及近缘种。在全序列分析的基础上，使用MEGA5.0软件构建了基于 Kimura-2-parameter 模型最大简约法(MP) 和邻接法（NJ）的哈摇蚊属群属间分子系统发育树，两种构建方法结果都表明哈摇蚊属群为单系群；Paracladopelma、Saetheria、Cladopelma、Cryptochironomus、Microchironomus、Parachironomus、Cyphomella和Robackia聚为一支，而Cryptotendipes、Harnischia、Olecryptotendipes、Demicryptochironomus聚为一支。Paracladopelma与Saetheria，Microchironomus与Parachironomus，Cryptotendipes与Harnischia各互为姐妹群。COI氨基酸序列可以用来作为摇蚊科属级高级阶元系统发育研究的分子标记。