完全降解萘的大肠杆菌工程菌的构建及其代谢机理解析

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项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号:
    31901069
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    23.0万
  • 负责人:
  • 依托单位:
  • 学科分类:
    C2106.应用生物技术
  • 结题年份:
    2022
  • 批准年份:
    2019
  • 项目状态:
    已结题
  • 起止时间:
    2020-01-01 至2022-12-31

项目摘要

Naphthalene, the simplest polycyclic aromatic hydrocarbon, exists widely in the environment and poses a serious threat to human health. Biodegradation is a potential low-cost and environmentally friendly approach to contamination remediation. It is difficult for the known naphthalene-degrading bacteria to meet the diverse needs of environmental conditions and remediation methods. This problem will be solved by constructing engineering bacteria for naphthalene degradation which meet different requirements via biotechnology. Therefore, this study intends to construct a naphthalene complete degradation pathway with 17 genes by using synthetic biology technology. And the artificial degradation pathway was transformed into Escherichia coli. Naphthalene can be completely degraded into the tricarboxylic acid cycle of the engineering strain via the artificial pathway. The degradation efficiency, metabolic changes and genetic stability of engineering bacteria will be studied. The colonization ability and remediation effect of engineering bacteria in contaminated soil will be analyzed. This study will prove that artificial degradation pathway composed of several functional genes from different sources can endow the host with the ability to degrade organic pollutants by scientific and reasonable design. This study provides theoretical and technical support for the artificial construction of organic pollution remediation engineering organisms by synthetic biological means.
萘作为一种结构最简单的多环芳烃类有机污染物,广泛存在于环境中,严重威胁人类的健康。微生物降解是一种极具潜力的低成本、环境友好的污染修复方式。目前已发现的萘降解菌难以满足环境条件和修复方法的多样化需求。通过生物技术构建符合不同需求的萘降解工程菌,将在很大程度上解决这一问题。因此,本研究拟以大肠杆菌为模式生物、以完整的代谢途径为操作对象,通过合成生物学技术构建一个包含17个基因的萘完全降解途径,赋予大肠杆菌完全降解萘的能力。工程菌可以将萘通过13步连续的酶促反应完全降解,产物进入三羧酸循环而为工程菌所利用。并对工程菌的降解效率、自身代谢变化、遗传稳定性、污染土壤中的定殖能力及修复效果进行详细分析。本项研究一旦完成,将证明通过科学合理的设计,可以按需要将不同来源的功能基因组装成人工代谢系统,赋予宿主降解有机污染物的能力,为通过合成生物学手段构建有机污染高效修复工程生物提供理论和技术支持。

结项摘要

萘是一种结构最简单有多环芳烃类有机污染物。尽管目前已经从自然界中分离并纯化了一系列萘降解菌,但仍不能满足多样化的污染修复需求。本研究成功在模式生物大肠杆菌中构建了一个萘的完全降解途径。该人工途径包含17个来源于不同微生物的功能基因,并对它们按统一原则进行了结构优化。工程菌可以将萘最终降解为乙酰辅酶A和琥珀酰辅酶A,避免了因底物不完全降解而造成的中间产物二次污染。采用单顺反子的表达模式为每个功能基因都连接上了独立的T7启动子和终止子。上游代谢模块pET-nahA-G由10个来源于恶臭假单胞菌Pseudomonas putida G7的基因组成,能够将萘转化为邻苯二酚。下游代谢模块pCA-cat由7个分别来源于Rhodococcus species AN-22、Rhodococcus jostii和Pseudomonas putida的基因组成,能够将邻苯二酚完全降解。携带两个代谢模块工程菌BL-nah/cat能够降解萘及其中间产物水杨酸和邻苯二酚,并通过稳定同位素示踪技术进一步验证了其功能。蛋白组分析发现工程菌能有效缓解萘对大肠杆菌造成的胁迫。在最适的降解条件下,工程菌BL-nah/cat可以在4小内降解1mM萘,且可以在12小时内降解污染土壤中95%以上的萘。以上结果说明,构建的工程菌可用于萘的生物修复,单顺反子的表达模式和模块化的组装方式可用于构建复杂的代谢途径,为构建适应不同环境的萘及其它多环芳烃降解工程菌提供了可行思路与技术基础。

项目成果

期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(4)
Metabolic Engineering of Escherichia coli for Methyl Parathion Degradation.
大肠杆菌降解甲基对硫磷的代谢工程
  • DOI:
    10.3389/fmicb.2022.679126
  • 发表时间:
    2022
  • 期刊:
    Frontiers in microbiology
  • 影响因子:
    5.2
  • 作者:
    Xu J;Wang B;Wang MQ;Gao JJ;Li ZJ;Tian YS;Peng RH;Yao QH
  • 通讯作者:
    Yao QH
Optimization and reconstruction of two new complete degradation pathways for 3-chlorocatechol and 4-chlorocatechol in Escherichia coli
大肠杆菌中3-氯儿茶酚和4-氯儿茶酚两条新完全降解途径的优化与重建
  • DOI:
    10.1016/j.jhazmat.2021.126428
  • 发表时间:
    2021-06-22
  • 期刊:
    JOURNAL OF HAZARDOUS MATERIALS
  • 影响因子:
    13.6
  • 作者:
    Wang, Bo;Gao, Jianjie;Yao, Quanhong
  • 通讯作者:
    Yao, Quanhong
Optimization, reconstruction and heterologous expression of the gene cluster encoding toluene/o-xylene monooxygenase from Pseudomonas stutzeri in Escherichia coli and its successive hydroxylation of toluene and benzene
施氏假单胞菌甲苯/邻二甲苯单加氧酶基因簇在大肠杆菌中的优化、重建和异源表达及其对甲苯和苯的连续羟基化
  • DOI:
    10.1080/13102818.2021.1996267
  • 发表时间:
    2021-01
  • 期刊:
    Biotechnology & Biotechnological Equipment
  • 影响因子:
    1.4
  • 作者:
    Bo Wang;Feng Gao;Jing Xu;Jianjie Gao;Zhenjun Li;Lijuan Wang;Fujian Zhang;Yu Wang;Yongsheng Tian;Rihe Peng;Quanhong Yao
  • 通讯作者:
    Quanhong Yao
Biodegradation of p-nitrophenol by engineered strain.
工程菌株生物降解对硝基苯酚
  • DOI:
    10.1186/s13568-021-01284-8
  • 发表时间:
    2021-08-31
  • 期刊:
    AMB Express
  • 影响因子:
    3.7
  • 作者:
    Xu J;Wang B;Zhang WH;Zhang FJ;Deng YD;Wang Y;Gao JJ;Tian YS;Peng RH;Yao QH
  • 通讯作者:
    Yao QH

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  • 期刊:
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  • 作者:
    王波;王静峰;孙政;赵春风;潘学蓓
  • 通讯作者:
    潘学蓓

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课题项目:调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要:

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题,其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子,其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而,TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用,影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法,探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用,为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义,并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路:

科学问题:TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达?
前期研究:已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应,但其具体机制尚不明确。
研究创新点:本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线:包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术:TRIM2与病毒RNA的相互作用分析,IFN-β启动子活性检测。
实验模型:使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

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          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
      
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