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利用野生小家鼠来源1号染色体替换群体快速精细定位血脂调控基因
结题报告
批准号:
31171199
项目类别:
面上项目
资助金额:
60.0 万元
负责人:
李凯
依托单位:
学科分类:
C0606.群体遗传与数量遗传
结题年份:
2015
批准年份:
2011
项目状态:
已结题
项目参与者:
肖君华、梁银明、晁天柱、谢雯、汤敏、张婷婷、陈科、徐福意
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中文摘要
小鼠1号染色体上存在血脂调控相关QTL达24个,迄今区段内的基因尚未被克隆,主要原因是利用传统杂交手段在区段内积累重组事件较为困难,但野生小家鼠自然形成的历史重组事件具有重大利用价值。项目前期已成功利用野生小鼠来源X染色体替换群体,精细定位性发育调控基因到500k之内。.本研究在拟在野生小家鼠来源1号染色体回交导入群体已完成回交6代的基础上,在2011年底完成全部31个品系的构建,其特征在于1号染色体丰富的遗传多样性,即25个品系源于不同地区的野生小鼠、6个品系源于经典近交系小鼠;随后利用小鼠高密度SNP芯片,解析该群体1号染色体单倍型图谱;并测定相关同类系的血脂成分与浓度,结合性状数据进行比较遗传学分析,实现1号染色体上血脂相关QTL的精细定位。同时,本研究创新利用野生小鼠特异性染色体同源导入近交系的方案,将从基因组水平上解析血脂调控机制,并为复杂性状基因精细定位提供借鉴。
英文摘要
本研究通过LDR技术进行分子育种,完成了野生小家鼠来源1号染色体回交导入群体的构建,并利用该群体进行了重测序、SNP评估、单倍型构建、表型测定、进化分析,高脂诱导与QTL定位等研究,主要结果如下:(1)利用基因芯片与二代测序的联合鉴定明确了品系的整体SNP状态,野生来源1号染色体的完整性较好,所得染色体替换系品系,其1号染色体基本源于野生小鼠,其他染色体源于经典近交系C57BL/6;(2)近30倍的重测序结果表明,SNP位点在1号染色体上的密度分布均匀,近97% SNP间的距离小于300bp,平均密度为1个SNP/150bp,这一数值远远低于现有近交系群体的分布密度,对于QTL定位是极好的资源;(3)利用高密度SNP数据,绘制了该群体1号染色体单倍型图谱,远远低于现有近交系的单体型大小,通过pathway富集发现两个富含候选基因的cluster;(4)通过测定品系的形态、生理、生化(含血脂),明确染色体替换系小鼠的相关指标的基础值,发现若干形态、生理与生化指标调控QTL位于1号染色体;(5)通过高脂饲料诱导,针对12个血液生化指标,有8个品系与对照品系有显著差异,明确所得群体在1号染色体上累计含有血脂调控QTL24个,通过单倍型分析精细定位了相应区段;(6)通过进化分析,所得染色体替换群体1号染色体,主要源于中国南方的Mus musculus castaneus与中国北方的M. m. musculus亚种,并发现经典封闭群昆明小鼠染色体主要来源于M. m. domesticus亚种。综上所述,本研究实现了野生小家鼠1号染色体导入近交系的构建,该群体1号染色体丰富的DNA多样性与小鼠群体性状的多样性,为血脂调控基因提供了丰富而明确的方向,研究所建立的小鼠群体与技术路线,将可用于更多性状的基因定位研究。
期刊论文列表
专著列表
科研奖励列表
会议论文列表
专利列表
DOI:--
发表时间:2013
期刊:中国实验动物学报
影响因子:--
作者:仝莉;肖君华;李凯;周宇荀
通讯作者:周宇荀
DOI:10.1111/jen.12226
发表时间:2015-04
期刊:Journal of Applied Entomology
影响因子:1.9
作者:Hongzhi Wang;J. Guo;L. Qi;Kai Li
通讯作者:Hongzhi Wang;J. Guo;L. Qi;Kai Li
DOI:--
发表时间:2014
期刊:现代生物医学进展
影响因子:--
作者:晁天柱;薛慧慧;肖君华;李凯
通讯作者:李凯
DOI:--
发表时间:2015
期刊:中国实验动物学报
影响因子:--
作者:赵丽亚;周宇荀;李凯;肖君华
通讯作者:肖君华
DOI:--
发表时间:2013
期刊:东华大学学报(自然科学版)
影响因子:--
作者:郭建平;唐满成;李凯
通讯作者:李凯
基于LDR生物芯片的Bt稻田食物网络中"植食者-捕食者"食物链跟踪及潜在风险评价
  • 批准号:
    30700529
  • 项目类别:
    青年科学基金项目
  • 资助金额:
    16.0万元
  • 批准年份:
    2007
  • 负责人:
    李凯
  • 依托单位:
国内基金
海外基金