长链非编码RNA和染色质互作的系统性研究

结题报告
项目介绍
AI项目解读

基本信息

  • 批准号：
    91640113
  • 项目类别：
    重大研究计划
  • 资助金额：
    85.0万
  • 负责人：
    瞿昆
  • 依托单位：
    中国科学技术大学
  • 学科分类：
    C0601.遗传物质结构与功能
  • 结题年份：
    2019
  • 批准年份：
    2016
  • 项目状态：
    已结题
  • 起止时间：
    2017-01-01 至2019-12-31

项目摘要

Evidence shows that long non-coding RNAs (lncRNAs) regulate cell growth, differentiation, cancer and other important biological processes through lncRNA-chromatin interactions. Therefore, to understand which lncRNAs interacts with which regions on chromatin and doing what kind of regulation is essential to study the biological mechanisms of how lncRNAs regulate gene transcription. This project will develop novel experimental and bioinformatics methods, using next generation sequencing technology to precisely detect chromatin enriched lncRNAs from the entire transcriptome, and thereby systematically study the lncRNA-chromatin interaction. Implementation of this project will help us to a clearer, deeper and more comprehensive understanding of the important role of non-coding RNA in basic biology, and expand its application in clinical treatment and other aspects.
证据表明，诸多长链非编码RNA 通过与染色质的相互作用，调控基因转录并由此调节着细胞发育、分化、癌变等重要的生物学过程。因此了解哪些长链非编码RNA结合在染色质的哪些位点以及起着怎样的调控作用，对于研究长链非编码RNA是如何调控基因转录的生物学机制具有非常重要的意义。本项目将开发新的实验和生物信息学的计算分析方法，利用二代测序技术，在全转录组层面筛选出富集在不同染色质状态下的长链非编码RNA，从而系统性的研究长链非编码RNA和染色质的相互作用。同时项目的实施，将有助于我们更清晰、更深入、更系统的了解非编码RNA在基础生物学中的重要作用，并拓展其在临床治疗等方面的应用。

结项摘要

研究表明，诸多长链非编码RNA通过与染色质的相互作用，调控基因转录并由此调节着细胞发育、分化、癌变等重要的生物学过程。因此了解哪些长链非编码RNA结合在染色质的哪些位点以及起着怎样的调控作用，对于研究长链非编码RNA是如何调控基因转录的生物学机制具有非常重要的意义。本项目开发了全新的建库测序技术PIRCh-seq，该技术可利用不同组蛋白抗体或组蛋白修饰抗体，对富集结合在对应区域上的非编码RNA，进行定性和定量分析。我们主要有以下几点发现：1.非编码RNA通过结合到不同状态下染色质区域，发挥不同的调控功能；2.染色质结合非编码RNA具有细胞种类特异性；3.非编码RNA和染色质的结合位点更倾向于单链结构。这些结果为全面研究染色质相关lncRNA的功能以及阐明染色质RNA相互作用的基本机制提供了独特的资源。

项目成果

期刊论文数量（5）
专著数量（0）
科研奖励数量（0）
会议论文数量（0）
专利数量（0）
A genome-wide long noncoding RNA CRISPRi screen identifies PRANCR as a novel regulator of epidermal homeostasis
全基因组长非编码 RNA CRISPRi 筛选将 PRANCR 鉴定为表皮稳态的新型调节剂
  • DOI：
    10.1101/gr.251561.119
  • 发表时间：
    2020-01-01
  • 期刊：
    GENOME RESEARCH
  • 影响因子：
    7
  • 作者：
    Cai, Pengfei;Otten, Auke B. C.;Sun, Bryan K.
  • 通讯作者：
    Sun, Bryan K.
PIRCh-seq: functional classification of non-coding RNAs associated with distinct histone modifications
PIRCh-seq：与不同组蛋白修饰相关的非编码 RNA 的功能分类
  • DOI：
    10.1186/s13059-019-1880-3
  • 发表时间：
    2019-12-20
  • 期刊：
    GENOME BIOLOGY
  • 影响因子：
    12.3
  • 作者：
    Fang, Jingwen;Ma, Qing;Chang, Howard Y.
  • 通讯作者：
    Chang, Howard Y.
Chromatin accessibility analysis reveals regulatory dynamics of developing human retina and hiPSC-derived retinal organoids
染色质可及性分析揭示了人类视网膜和 hiPSC 衍生的视网膜类器官发育的调控动态。
  • DOI：
    10.1126/sciadv.aay5247
  • 发表时间：
    2020-02
  • 期刊：
    Science Advances
  • 影响因子：
    13.6
  • 作者：
    Xie Haohuan;Zhang Wen;Zhang Mei;Akhtar Tasneem;Li Young;Yi Wenyang;Sun Xiao;Zuo Zuqi;Wei Min;Fang Xin;Yao Ziqin;Dong Kai;Zhong Suijuan;Liu Qiang;Shen Yong;Wu Qian;Wang Xiaoqun;Zhao Huan;Bao Jin;Qu Kun;Xue Tian
  • 通讯作者：
    Xue Tian

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--"}}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--" }}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--"}}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}

数据更新时间：{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}

数据更新时间：{{ patent.updateTime }}

其他文献

其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI：
    {{ item.doi || "--" }}
  • 发表时间：
    {{ item.publish_year || "--"}}
  • 期刊：
    {{ item.journal_name }}
  • 影响因子：
    {{ item.factor || "--" }}
  • 作者：
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者：
    {{ item.author }}
empty
内容获取失败，请点击重试
重试联系客服
title开始分析
查看分析示例
此项目为已结题，我已根据课题信息分析并撰写以下内容，帮您拓宽课题思路：

AI项目思路

AI技术路线图

瞿昆的其他基金

单细胞组学研究反复流产患者蜕膜免疫微环境紊乱机制
  • 批准号：
    31970858
  • 批准年份：
    2019
  • 资助金额：
    58 万元
  • 项目类别：
    面上项目
T细胞淋巴瘤的表观遗传调控
  • 批准号：
    31771428
  • 批准年份：
    2017
  • 资助金额：
    60.0 万元
  • 项目类别：
    面上项目

相似国自然基金

{{ item.name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 批准年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}

相似海外基金

{{ item.name }}
{{ item.translate_name }}
  • 批准号：
    {{ item.ratify_no }}
  • 财政年份：
    {{ item.approval_year }}
  • 资助金额：
    {{ item.support_num }}
  • 项目类别：
    {{ item.project_type }}
{{ showInfoDetail.title }}

作者：{{ showInfoDetail.author }}

知道了

AI项目解读示例

课题项目：调控A型流感病毒诱导IFN-β表达的机制研究

AI项目摘要：

本研究聚焦于TRIM2蛋白在A型流感病毒诱导的IFN-β表达中的调控机制。A型流感病毒是全球性健康问题，其感染可导致严重的呼吸道疾病。IFN-β作为关键的抗病毒因子，其表达水平对抗病毒防御至关重要。然而，TRIM2如何调控IFN-β的表达尚未明确。本研究假设TRIM2通过与病毒RNA或宿主因子相互作用，影响IFN-β的产生。我们将采用分子生物学、细胞生物学和免疫学方法，探索TRIM2与A型流感病毒诱导IFN-β表达的关系。预期结果将揭示TRIM2在抗病毒免疫反应中的作用，为开发新的抗病毒策略提供理论基础。该研究对理解宿主抗病毒机制具有重要科学意义，并可能对临床治疗流感病毒感染提供新的视角。

AI项目思路：

科学问题：TRIM2如何调控A型流感病毒诱导的IFN-β表达？
前期研究：已有研究表明TRIM2参与抗病毒反应，但其具体机制尚不明确。
研究创新点：本研究将深入探讨TRIM2在IFN-β表达中的直接作用机制。
技术路线：包括病毒学、分子生物学、细胞培养和免疫检测技术。
关键技术：TRIM2与病毒RNA的相互作用分析，IFN-β启动子活性检测。
实验模型：使用A型流感病毒感染的细胞模型进行研究。

AI技术路线图

        graph TD
          A[研究起始] --> B[文献回顾与假设提出]
          B --> C[实验设计与方法学准备]
          C --> D[A型流感病毒感染模型建立]
          D --> E[TRIM2与病毒RNA相互作用分析]
          E --> F[TRIM2对IFN-β启动子活性的影响]
          F --> G[IFN-β表达水平测定]
          G --> H[TRIM2功能丧失与获得研究]
          H --> I[数据收集与分析]
          I --> J[结果解释与科学验证]
          J --> K[研究结论与未来方向]
          K --> L[研究结束]
关闭
close
客服二维码