氨氧化菌（包括细菌、真菌、古细菌）在自然界氮素循环过程中起着至关重要的作用，土壤中氨氧化菌的分离培养及其功能分析对揭示和调控生态系统中的氮循环过程以及对氨氧化菌的工程应用都具有重要意义。但目前分离氨氧化菌的方法比较单一，具有较强的片面性，所得到的微生物种类不多，主要为亚硝化螺菌属和亚硝化单胞菌属细菌，而且往往生长较慢，严重地阻碍了相关研究的进展。本研究致力于借鉴和改进近年发展起来的微生物分离方法，建立一种近自然条件下的分离和培养方法，同时结合现代分子生物学手段进行检测，以获得更多更全面的氨氧化菌。重点分离目标是近期发现的一类在土壤中大量存在而至今未被分离的古细菌，这类菌的氨氧化基因在土壤中的含量远大于细菌，可能在土壤氨氧化中发挥着最为重要的作用。之后对分离得到的氨氧化菌进行分类鉴定并优化其培养条件，分析它们的生理特点和氨氧化能力，为揭示它们在生态系统中的氨氧化功能及其开发利用奠定基础。